用于微生物多样性的统计方法

比较多个样品中OTU组成的差异及各OTU中含有序列的丰度，计算这些样品的相似性，并绘制相似性图谱。

　　稀释性曲线(rarefaction curve)：一般是从样本中随机抽取一定数量的个体，统计出这些个体所代表物种数目，并以个体数与物种数来构建曲线。它可以用来比较测序数量不同的样本物种的丰富度，也可以用来说明样本的取样大小是否合理。分析 …

　　Heatmap(热图)可以用颜色变化来反映二维矩阵或表格中的数据信息，它可以直观地将数据值的大小以定义的颜色深浅表示出来。常根据需要将数据进行聚类，将聚类后的数据表示在heatmap 图上，通过颜色的梯度及相似程度来反映数据的相似性和差 …

生物多样性测定主要有三个空间尺度从小到大分为：α多样性，β多样性，γ多样性。我们这里的指的是α多样性，α多样性主要关注局域均匀生境下的物种数目，因此也被称为生境内的多样性（within-habitat diversity）。 本次分析选取评 …

典范相关分析（canonical correlation analysis，CCoA） 典范相关分析是研究两组变量之间相关程度的多元分析方法。典范相关分析把两组变量的相关变为两个新变量之间的相关来进行研究，第一组变量中找出一个变量的线性组合 …

RDA分析(Redundancy analysis) RDA分析，即冗余分析，对比主成分分析可以发现，其实冗余分析就是约束化的主成分分析。PCA和RDA的目的都是寻找新的变量来代替原来变量，它们主要区别在于后者样方在排序图中的坐标是环境因子 …

偏最小二乘法判别分析(pls-da ,Partial least squares discrimination analysis) 偏最小二乘法判别分析原理： 偏最小二乘法判别分析是一种用于判别分析的多变量统计分析方法。判别分析是一种根据观 …