扩增子全长测序

在土壤、水体、粪便等样本中，里面的微生物有很多种类，其中细菌和真菌是最为常见的微生物。

在细菌的多样性研究，比较多的关注的是编码细菌核糖体16srRNA的序列，由9个可变区和保守区组成。真菌基因也是由ITS1和ITS2高变区以及多个保守区组成的。检测不同的基因片段得到的微生物群落结构是不一样的。

细菌16S rRNA基因序列组成及引物选择

受限于二代高通量测序平台的读长要求，以前测细菌或真菌时，仅仅测单V区或双V区600bp以内的片段序列。而16S rDNA全长约为1500bp。大多数区域是无法检测的。

伴随着三代测序平台的发展，Pabio平台3-5kb的平均读长可以覆盖16S rDNA和ITS的可变区和保守区。因此16S rDNA和ITS全长测序成为微生物多样性研究的新热点。有文献表明，与利用二代高通量测序检测微生物多样性相比，全长测序服务具有以下几个特定：

1 由于二代高通量测序需要PCR扩增，这会造成某些特定微生物类群出现检测偏差，而三代测序中不需要PCR扩增，因此在很大程度上降低了结果的偏差。

2 在同一分类水平下，三代测序可以实现更多的物种分类。

3 由于是检测全长，而不是单独或其中2个V区，因此三代测序对于物种的识别和定量是最接近于样本原貌的。 

微基生物目前推出全长测序服务，可以检测土壤、粪便等多种样本的微生物多样性。

可检测样本：

土壤、淤泥、水体、粪便、组织、发酵物等

检测基因：

16S细菌全长测序服务

ITS真菌全长测序服务

 

检测平台：

Pacbio

 

分析结果展示：