根系微生物

　　微基生物提供根系微生物多样性分析的整体科研服务：实验规划->样本采集保存->分子实验->生信统计分析->论文协助

　　微基生物采用高通量测序、PCR-DGGE、实时荧光定量PCR等方法，对样本中的DNA进行序列测定，并通过生信统计分析，对大量数据进行处理，揭示肠道中微生物的种类以及它们之间的相对丰度和进化关系，探讨微生物多样性，研究根系微生物与环境间的相关关系。

技术路线：

高通量分析流程

PCR-DGGE分析流程

检测平台：

　　微基生物拥有Illumina MiSeq、Ion PGM、Roche 454高通量测序分析，PacBio第三代高通量测序分析，PCR-DGGE变性梯度凝胶分析，实时荧光定量PCR（Real-time qPCR），克隆文库等检测平台。

样品采集：

　　微基生物为客户提供样品采集的配套工具，如采集盒、保存液、取样勺和保存管等。

送样要求：

样品原样

　　(1)样品类型：根系微生物，新鲜取样，冻存于-80℃

　　(2)样品需求：≥2g

　　(3)样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输

DNA类型

　　(1) 样品类型： DNA

　　(2) 样品需求量：≥300ng

　　(3) 样品浓度： ≥10ng/μL

　　(4) 样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解

　　(5) 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输

　　(6) 对于本种类型的样品，我们在检测完样品的质量后，进行PCR扩增等后续试验

生物信息与统计学服务：

　　生信分析项目

　　更多微生态方向研究和生物信息方面服务，请详询：400-660-9270

标题：运用PCR-DGGE和焦磷酸测序分析（Roche 454）对红树林湿地和根围古菌的多样性分析

研究领域：根系微生物

分析物种：古菌

研究区域：16S rRNA V4 and V5 regions

研究方法：PCR-DGGE和Roche 454

主要结果：

1. 实验DGGE结果

　　2.两个PCO轴和展示了所有数据集58%的变种，（根围上、中、下古菌菌群的展示）

　　3.采用重测样对16S rRNA的样本宽度和样本测序丰富度曲线

4.运用RDP的分类器算法统计出古菌16S rRNA在三个不同地方的差异

5.根际微生物中不同地方占主导地位OUT的相关关系

6.被检索到的古菌序列的具体分类

原文链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22660713

参考文献：

Pires, A. C., D. F. Cleary, A. Almeida, A. Cunha, S. Dealtry, L. C. Mendonca-Hagler, K. Smalla and N. C. Gomes (2012). “Denaturing gradient gel electrophoresis and barcoded pyrosequencing reveal unprecedented archaeal diversity in mangrove sediment and rhizosphere samples.” Appl Environ Microbiol 78(16): 5520-5528.