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全基因组测序

技术介绍

细菌全基因组检测,是指通过基因组测序和组装获得细菌全基因组序列,并对其进行结构和功能研究的方法。全基因组测序包含微生物的全部遗传信息,相比16S除了分类信息外还有更多的基因信息特定环境下富集的功能基因。

检测项目

扫描图:细菌扫描图(也称为草图)采用小片段建库,深度测序和初步的基因组组装策略,能够得到待测样本的基因组信息,性价比高,能满足细菌基因组研究基本需求。(点击查看详情)

完成图:细菌完成图综合利用二代三代测序技术,根据菌株具体信息进行基因组测序组装,最终可以得到无gap的完整基因组序列。(点击查看详情)

差异菌株分析:通过CARDVFDB数据库比对分析,多位点序列分型MLST和核心基因组多位点序列分型cgMLST, 单核苷酸位点SNP分析,泛基因分析,系统进化分析等将菌株间的差异进行展示。(点击查看详情)

检测平台

· 二代高通量平台:IlluminaBGI Ion PGM

· 三代高通量平台:PacBioNanopore

结果展示


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生信分析流程图

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KEGG通路数据库中MAPK Signaling Pathway例图

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基因组圈图

文献解读

标题:Genome sequencing and analysis of Alcaligenes faecalis subsp. phenolicus MB207

粪产碱菌 phenolicus MB207 菌株全基因组测序和分析

Sci Rep (IF:4.122) 

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主要结果:

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菌株基因组圈图

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菌株中抗药性相关的基因热图

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基于核基因,泛基因产碱杆菌属进化关系

原文链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5827749/

参考文献:Basharat Z, Yasmin A, He T, Tong Y. Genome sequencing and analysis of Alcaligenes faecalis subsp. phenolicus MB207. Sci Rep. 2018;8(1):3616. Published 2018 Feb 26. doi:10.1038/s41598-018-21919-4