全基因组测序

技术介绍

细菌全基因组检测，是指通过基因组测序和组装获得细菌全基因组序列，并对其进行结构和功能研究的方法。全基因组测序包含微生物的全部遗传信息，相比16S除了分类信息外还有更多的基因信息及特定环境下富集的功能基因。

检测项目

扫描图：细菌扫描图（也称为草图）采用小片段建库，深度测序和初步的基因组组装策略，能够得到待测样本的基因组信息，性价比高，能满足细菌基因组研究基本需求。(点击查看详情)

完成图：细菌完成图综合利用二代三代测序技术，根据菌株具体信息进行基因组测序组装，最终可以得到无gap的完整基因组序列。(点击查看详情)

差异菌株分析：通过CARD，VFDB数据库比对分析，多位点序列分型MLST和核心基因组多位点序列分型cgMLST， 单核苷酸位点SNP分析，泛基因分析，系统进化分析等将菌株间的差异进行展示。(点击查看详情)

检测平台

· 二代高通量平台：Illumina、BGI、 Ion PGM；

· 三代高通量平台：PacBio；Nanopore

结果展示

生信分析流程图

KEGG通路数据库中MAPK Signaling Pathway例图

基因组圈图

文献解读

标题：Genome sequencing and analysis of Alcaligenes faecalis subsp. phenolicus MB207

粪产碱菌 phenolicus MB207 菌株全基因组测序和分析

Sci Rep (IF:4.122) 

主要结果：

菌株基因组圈图

菌株中抗药性相关的基因热图

基于核基因,泛基因产碱杆菌属进化关系

原文链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5827749/

参考文献:Basharat Z, Yasmin A, He T, Tong Y. Genome sequencing and analysis of Alcaligenes faecalis subsp. phenolicus MB207. Sci Rep. 2018;8(1):3616. Published 2018 Feb 26. doi:10.1038/s41598-018-21919-4