扩增子定量检测

技术介绍

扩增子测序是指利用二代高通量测序、三代高通量测序等平台对土壤、水体、粪便、肠道内容物、唾液、皮肤等样本中的16S rRNA基因/18S rRNA基因/ITS/功能基因等进行检测，检测样本中微生物的种类信息和相对丰度。相对丰度反映的样本间每种微生物的相对含量，因此不能体现样本中物种的真实数量和组间样本的真实差异。qPCR绝对定量分析则是计算样本每种微生物的拷贝数，从而实现绝对定量。将高通量测序（相对丰度）与qPCR绝对定量（物种总数）结合分析，增加样品间的可比性，揭示生物量水平的种群结构和功能改变，能反映样本中物种的真实数量和组间样本的真实差异，是进行微生态研究的首选。

检测项目：

· 16S rRNA基因扩增子定量检测: 对样本中细菌或古菌的多样性和绝对含量进行分析。

· ITS扩增子定量检测: 对环境样本中真菌多样性和绝对含量进行分析。

· 功能基因扩增子定量检测:根据客户的需求，对碳循环、氮循环等过程中起重要功能作用的微生物进行高通量测序和qPCR绝对定量检测，得到物种多样性和绝对含量分析结果。

检测平台：

· 二代高通量平台：Illumina、BGI、 Ion PGM；

· 绝对定量：Real-Time PCR

文献解读：

标题：Quantitative microbiome profiling links gut community variation to microbial load

微生物绝对定量分析使将肠道菌群变化与微生物载量关联

Nature (IF:40.137)

对29例克罗恩病患者和健康人的样本进行高通量和绝对定量数据分析。同时进行流式细胞仪分析检测，克罗恩病患者粪便样品中的细胞数比健康对照组低3倍。在使用绝对定量数据（QMP）时，普雷沃菌属Prevotella才在克罗恩病患者中发现显著降低。与流式细胞仪分析检测结果一致。

克罗恩病的定量微生物组改变

Vandeputte D, Kathagen G, D’hoe K, Vieira-Silva S, Valles-Colomer M, Sabino J, Wang J, Tito RY, De Commer L, Darzi Y, Vermeire S, Falony G, Raes J. Quantitative microbiome profiling links gut community variation to microbial load. Nature. 2017 Nov 23;551(7681):507-511. doi: 10.1038/nature24460. Epub 2017 Nov 15. PMID: 29143816.