菌群多样性指数

生物多样性测定主要有三个空间尺度从小到大分为：α多样性，β多样性，γ多样性。我们这里的指的是α多样性，α多样性主要关注局域均匀生境下的物种数目，因此也被称为生境内的多样性（within-habitat diversity）。

本次分析选取评估指数包括：ace，chao，simpson，shannon，jackknife；用于评估的OTU相似水平：unique，97% (0.03)，95% (0.05)，90% (0.10)。

计算菌群丰度（Community richness）的指数有：

（1）Chao：是用chao1 算法估计群落中含OTU 数目的指数，chao1 在生态学中常用来估计物种总数，由Chao (1984) 最早提出。

（2）Ace：用来估计群落中含有OTU 数目的指数，由Chao 提出，是生态学中估计物种总数的常用指数之一，与Chao I 的算法不同。

计算菌群多样性（Community diversity）的指数有：

（1）Simpson：用来估算样品中微生物的多样性指数之一，由Edward Hugh Simpson ( 1949) 提出，在生态学中常用来定量的描述一个区域的生物多样性。Simpson 指数值越大，说明群落多样性越低。

（2）Shannon：用来估算样品中微生物的多样性指数之一。它与Simpson 多样性指数均为常用的反映alpha 多样性的指数。Shannon值越大，说明群落多样性越高。

测序深度指数有：

Coverage：是指各样品文库的覆盖率，其数值越高，则样本中序列没有被测出的概率越低。该指数实际反映了本次测序结果是否代表样本的真实情况。