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稀释性曲线 rarefaction curve

  稀释性曲线是从样本中随机抽取一定数量的个体,统计这些个体所代表的物种数目,并以个体数与物种数来构建曲线。它可以用来比较测序数据量不同的样本中物种的丰富度,也可以用来说明样本的测序数据量是否合理。采用对序列进行随机抽样的方法,以抽到的序列数与它们所能代表OTU 的数目构建rarefaction curve,当曲线趋向平坦时,说明测序数据量合理,更多的数据量只会产生少量新的OTU,反之则表明继续测序还可能产生较多新的OTU。因此,通过作稀释性曲线,可得出样品的测序深度情况。

  软件:使用97%相似度的OTU,利用mothur 做rarefaction 分析,利用perl 语言工具制作曲线图。

参考文献:

  Katherine R Amato. et al. Habitat degradation impacts black howler monkey (Alouatta pigra) gastrointestinal microbiomes. The ISME Journal (2013) 7, 1344–1353; doi:10.1038/ismej.

例图:

rarefaction.All

  注:横坐标:随机抽取的测序数据量;纵坐标:观测到的OTU 数量。