在线客服
首页 > 生信分析

生信分析

OTU群落聚类及相关分析

OTU-cluster-analysis01

OTU的定义是在系统发生学研究或群体遗传学研究中,为了便于进行分析,人为给某一个分类单元(品系,种,属,分组等)设置的同一标志。在生物信息分析中,一般来说,测序得到的每一条序列来自一个菌。

查看更多 »

多样性指数统计

01-biodiversity-index

多样性指数统计是群落生态学中研究微生物多样性,通过单样品的多样性分析(Alpha 多样性)可以反映微生物群落的丰度和多样性,包括一系列统计学分析指数估计环境群落的物种丰度和多样性。

查看更多 »

香农指数曲线

01Shannon-Wiener

Shannon-Wiener曲线定义是反映样品中微生物多样性的指数,利用各样品的测序量在不同测序深度时的微生物多样性指数构建曲线,以此反映各样本在不同测序数量时的微生物多样性。Shannon-Wiener曲线解读当曲线趋向平坦时,说明测序数据量足够大,可以反映样品中绝大多数的微生物信息。

查看更多 »

稀释性曲线 rarefaction curve

01-rarefaction.All

稀释性曲线是从样本中随机抽取一定数量的个体,统计这些个体所代表的物种数目,并以个体数与物种数来构建曲线。它可以用来比较测序数据量不同的样本中物种的丰富度,也可以用来说明样本的测序数据量是否合理。

查看更多 »

Rank Abundance 曲线

01Rank-Abundance

Rank-abundance曲线是分析多样性的一种方式。构建方法是统计单一样品中,每一个OTU 所含的序列数,将OTUs 按丰度(所含有的序列条数)由大到小等级排序,再以OTU 等级为横坐标,以每个OTU 中所含的序列数(也可用OTU 中序列数的相对百分含量)为纵坐标做图。

查看更多 »

韦恩图(Venn)

01_venn

venn 图可用于统计多个样品中所共有和独有的OTU 数目,可以比较直观的表现环境样品的OTU 数目组成相似性及重叠情况。通常情况下,分析时选用相似水平为97%的OTU 样品表。

查看更多 »