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香农指数曲线

  Shannon-Wiener曲线是反映样品中微生物多样性的指数,利用各样品的测序量在不同测序深度时的微生物多样性指数构建曲线,以此反映各样本在不同测序数量时的微生物多样性。当曲线趋向平坦时,说明测序数据量足够大,可以反映样品中绝大多数的微生物信息。
软件:使用97%相似度的OTU,利用mothur计算不同随机抽样下的shannon值,利用R语言工具制作曲线图。
参考文献:
Yu Wang, Hua-Fang Sheng, et al. Comparison of the Levels of Bacterial Diversity in Freshwater,Intertidal Wetland, and Marine Sediments by Using Millions of Illumina Tags. Appl. Environ. Microbiol. 2012, 78(23):8264. DOI: 10.1128/AEM.01821-12.

例图:

Shannon-Wiener
香农指数曲线