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Rank Abundance 曲线

  Rank-abundance曲线是分析多样性的一种方式。构建方法是统计单一样品中,每一个OTU 所含的序列数,将OTUs 按丰度(所含有的序列条数)由大到小等级排序,再以OTU 等级为横坐标,以每个OTU 中所含的序列数(也可用OTU 中序列数的相对百分含量)为纵坐标做图。
  Rank-abundance 曲线可用来解释多样性的两个方面,即物种丰度和物种均匀度。在水平方向,物种的丰度由曲线的宽度来反映,物种的丰度越高,曲线在横轴上的范围越大;曲线的形状(平滑程度)反映了样品中物种的均度,曲线越平缓,物种分布越均匀。
  软件:使用97%相似度的OTU,利用R语言工具制作曲线图。
参考文献:
  Scott T Bates, Jose C Clemente, et al. Global biogeography of highly diverse protistan communities in soil. The ISME Journal (2013) 7, 652–659; doi:10.1038/ismej.2012.147.
例图:
Rank-Abundance
  注:横坐标:OTU 等级,“500”代表样本中按照丰度排列第500 位的OTU;纵坐标:该等级OTU 中序列数的相对百分含量,即属于该OTU 的序列数除以总序列数,纵坐标轴上数字,例如“100”代表相对丰度为100%,“10”代表相对丰度为10%,依次类推。