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食品微生物

  随着人们生活水平的不断提高,食品安全问题越来越受到人们的重视,微生物对食品的污染问题也相应地备受关注。微生物包括细菌、真菌等,有些微生物还是致病菌,对人体的危害很大,因此食品中微生物的检测非常重要。

  包括生产型食品微生物醋酸杆菌,酵母菌等)和是食物变质(霉菌,细菌等)和食源性病原微生物(大肠杆菌,肉毒杆菌等)。食品微生物与人类关系紧密,对食品微生物的了解、利用、和防治在很早以前就有很大的进展了。

  在全基因组测序技术方面,该技术可以对菌株进行最为有效的分型,即使是16S测序差异不大的菌株,也可以通过分布在整个基因组上的单核苷酸多态性位点(SNP)进行区分,是目前分型能力最为强大的技术之一。全基因组测序用于微生物鉴定工作的主要障碍在于使用成本高和专业的数据分析。微基生物充分整合资源,运用先进的技术和良好的服务为科研工作者助力!

微基生物进行人体健康相关的研究与应用:

  • 肠道微生态 
  • 皮肤微生态
  • 口腔与呼吸道
  • 生殖道微生态研究

微基生物提供与人体健康相关的生信/统计服务:

物种组成图

样品群落结构分析柱状图、多样品对比树图、样品群落结构分析柱状图

微生物多样性分析/宏基因组

LEfSe差异分析

PCA差异分析

RDA环境因子分析

更多微生态方向研究和生物信息方面服务,请详询:400-660-9270

食品微生物高通量测序流程:

HTS
高通量测序分析流程
  • 样品采集及运送

  新鲜样品:食物3-5 g

  DNA样品:浓度大于 10ng/μL,总量大于 500ng 的基因组 DNA,DNA 纯度较差或降解严重会影响后继的扩增实验。如果方便的话,可提供电子版DNA电泳检测照片及 OD260/280=1.8-2.0比值

  样品运送:送样时采用干冰保存运输;若是距离较远,建议采用干冰加冰袋,存放于冰盒中运送

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生信与统计分析流程

 

案例分析:

标题:韩国传统方法腌制的泡菜的宏基因组分析

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高通量测序平台:Roche 454

测序区域:16S rRNA

主要实验结果:

  1.30天中,不同PH值对应不同的16S rRNA基因拷贝数

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  2.30天中泡菜上清液中游离的糖的含量

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  3.有种群菌属图可以看出其韩国泡菜中主要的三种菌属Leuconostoc,Lactobacillus和 Weissella

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  4.以功能类别区分这些宏基因组序列

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  5.宏基因组测序结果

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  6.在泡菜发酵过程中,假定的噬菌体群在整个没配合的reads数的相对丰度

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原文链接:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21317261
参考文献:
Jung, J. Y., S. H. Lee, J. M. Kim, M. S. Park, J. W. Bae, Y. Hahn, E. L. Madsen and C. O. Jeon (2011). “Metagenomic analysis of kimchi, a traditional Korean fermented food.” Appl Environ Microbiol 77(7): 2264-2274.