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皮肤微生态多样性

  从公元前400年,希波克拉底第一次描述念珠菌感染起,研究者们一直在探寻与人类共生的真菌和细菌对人体健康及疾病的影响。皮肤作为人体最大的器官拥有达1.8m的表面积,其主要功能是作为物理屏障,保护机体免受外来生物或有毒物质的侵害。同时,皮肤也是人体与外界环境接触的部位,因此常驻有各类微生物,包括细菌、真菌、病毒等。如果将皮肤看作一个生态系统,那么它就是由各类微生物和皮肤表面的组织、细胞及各种分泌物微环境等共同组成的整体,维持微生物群落与皮肤表面组织之间的平衡。这种平衡一旦被打破,就可能会引起皮肤病或感染。

  早期的皮肤微生物研究主要采用传统的分离培养方法,来识别和描述微生物群落的组成和多样性。传统方法的局限性使研究者难以正确全面地阐明皮肤微生物的群落结构和多样性特点。高通量测序从根本上改变了人们对微生物群落的认识,使人们得以系统地分析和认识皮肤微生物的群落及其功能。

  基于16S rRNA/18S rRNA/ITS基因,优化实验方法,增加对痕量微生物的研究,利用二代测序技术(Roche 454、IlliminaMiSeq、Ion Torrent PGM)来分析皮肤微生物的多样性,为进一步理解皮肤的健康、疾病和感染等,全面了解皮肤微生物群落的结构特点及其与皮肤组织和环境的相互关系

微基生物进行人体健康相关的研究与应用:

  • 肠道微生态 
  • 皮肤微生态
  • 口腔与呼吸道
  • 生殖道微生态研究

微基生物提供与人体健康相关的生信/统计服务:

物种组成图

样品群落结构分析柱状图、多样品对比树图、样品群落结构分析柱状图

微生物多样性分析/宏基因组

LEfSe差异分析

PCA差异分析

RDA环境因子分析

更多微生态方向研究和生物信息方面服务,请详询:400-660-9270

  • 样品采集及运送:

  新鲜样品:根据相关文献收集样品

  DNA样品:浓度大于10 ng/uL,总量大于500 ng的基因组DNA,DNA纯度较差或降解会影响后继的扩增实验。如果方便的话,可提供电子版DNA电泳检测照片及 OD260/280的比值。

  样品运送:送样时采用干冰保存运输;若是距离较远,建议采用干冰加冰袋,存放于冰盒中。

HTS
高通测序分析流程
Bioinfor-statistic-analysis-1
生信与统计分析流程

 

案例分析

标题:人体皮肤微生物的多样性概况

skin microbiome 01

研究领域:皮肤微生物

分析物种:细菌

取样方法:取皮肤表皮及皮下组织

skin microbiome 02

  高通量测序平台:Illumina MiSeq 2×150

  测序区域:16S rRNA gene V4区

主要结果:
  (1)无皮肤病史的五个样本左、右手的113个OUT的系统发育树结构丰度
skin microbiome 03
  (2)OUT单板描述
skin microbiome 04
  (3).该图展示了样品根据它们Θ指数用UPGMA得到的发育树
skin microbiome 05
  (4).相对丰度比较
skin microbiome 06
原文链接:http://genome.cshlp.org/content/18/7/1043.short

参考文献:
Grice, E. A., H. H. Kong, G. Renaud, A. C. Young, G. G. Bouffard, R. W. Blakesley, T. G. Wolfsberg, M. L. Turner and J. A. Segre (2008). “A diversity profile of the human skin microbiota.” Genome Research 18(7): 1043-1050.