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你测过皮肤菌群的”组成”，但知道目标微生物”住”在哪、长多少、和谁挨着吗？
传统 DNA 测序给出的是一份”菌种名单”，却看不清它们在皮肤组织里的空间位置。FISH（荧光原位杂交）则能在组织中”原位”点亮目标菌——不破坏结构、不依赖培养，直观呈现目标微生物的定植位点、分布密度与共定位关系。
一、皮肤微生物菌种特异性 16S FISH 检测
通用 EUB338 广谱细菌探针 + NONEUB 阴性对照，消除角质/色素自发荧光干扰。 ✓ 菌群总密度 ✓ 空间分布轮廓
痤疮丙酸杆菌、表皮/金黄色葡萄球菌、棒杆菌、微球菌等专属荧光探针，锁定目标菌在毛囊、角质层的定植区域。 ★ 无交叉杂交 ★ 菌种级分辨率
同步标记 2-3 种目标菌种，呈现毛囊内共生/竞争/空间毗邻关系。
二、菌种特异性 16S FISH 探针设计 2785+ 现货
| 代表性皮肤微生物 | 拉丁名 | 单探针覆盖率 | 双探针覆盖率 |
| 痤疮丙酸杆菌 | Cutibacterium acnes | 88.61% | 96.20% |
| 金黄色葡萄球菌 | Staphylococcus aureus | 90.64% | 97.94% |
| 马氏棒状杆菌 | Corynebacterium matruchotii | 100% | 100% |
| 阑尾棒状杆菌 | Corynebacterium appendicis | 100% | 100% |
| 粘滑罗氏菌 | Rothia mucilaginosa | 94.12% | 100% |
物种特异性探针设计：基于目标菌 16S 高变区侧翼保守序列设计探针，确保菌种识别特异性；
背景淬灭优化：专属淬灭步骤降低角质、色素的自发荧光，显著提升信噪比，成像更清晰；
样本适配优化：适配冰冻切片、石蜡切片、胶带粘贴样本等多种皮肤样本类型。
文献分享：FISH 定位皮肤菌群
1. FISH 探针：
– 通用细菌探针 EUB338（靶向细菌 16S rRNA，红色荧光），用于定位全部细菌。
– 菌种特异性探针 C. acnes 特异性探针（绿色荧光），验证优势菌的空间分布。
– 阴性对照探针 NONEUB338（EUB338 反向互补链），排除非特异性结合。
2. 样本类型：
– 健康成人面部皮肤活检组织：皮肤癌手术切除的正常皮肤（额头、脸颊）。FISH 空间分布主实验。
– 小鼠背部皮肤：K14-H2B-GFP 小鼠、C57BL/6J 小鼠、SKH1 裸鼠，剃毛后 OCT 包埋。跨物种分布验证。
3. 对照验证：
– 在 C. acnes、S. epidermidis、M. luteus、C. striatum 等多种皮肤菌纯培养中验证 EUB338 杂交效率。
– 小鼠皮肤（有毛/裸鼠）及离体涂布 E. coli 鼠皮作为阳性/阴性对照。
皮肤表面（角质层）EUB338 信号极少；细菌主要以团簇形式富集于毛囊、皮脂腺单位、粉刺样结构等皮肤凹陷处。富集分数中位数：毛囊 = 11.24，角质层 = 0.188（约 60 倍差异）。
C. acnes 特异性探针：毛囊富集分数 3.14，角质层 0.67，与 EUB338 空间分布一致。
小鼠皮肤：有毛鼠毛囊富集分数 5.26，表面 0.21；裸鼠毛囊 10.79，表面 1.13，与人皮肤趋势一致。
1. FISH 探针：
– 泛细菌探针 EUB338-CY5（标记全部细菌，CY5 远红通道）。
– 属特异性探针 STAPHY-FITC（标记 Staphylococcus 属，FITC 绿色通道）。
– 种特异性探针 PRAC-CY3（标记 Cutibacterium acnes，Cy3 橙红色通道）。
– DAPI 复染宿主细胞核与细菌 DNA（蓝色）。
2. 样本类型：
– 头皮终毛毛囊：12 名健康人（6 男 6 女），额部/枕部。用于 FISH、DNA 提取、蛋白提取；头皮活检标本：整形手术患者健康头皮，用于 FISH 与组织学对比。
上部毛囊（漏斗部）：FISH 与 Gram 染色显示细菌沿漏斗上部全程定植，形成复杂菌落与生物膜（biofilms），附着于衬里上皮。
漏斗下区突破发现：FISH 首次在健康终毛毛囊漏斗下区观察到 C. acnes 生物膜及 Staphylococcus sp. 菌落，延伸至传统认为无菌的深部区域。PRAC-CY3 探针（橙色）与 DAPI（蓝色）叠加，清晰显示漏斗下水平的 C. acnes 生物被膜。
如有皮肤微生物荧光原位杂交检测、空间分布解析及多组学联合分析的实验需求，
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[1] Acosta EM, et al. Bacterial DNA on the skin surface overrepresents the viable skin microbiome. eLife. 2023;12:RP87192.
[2] Polak-Witka K, et al. Identification of anti-microbial peptides and traces of microbial DNA in infrainfundibular compartments of human scalp terminal hair follicles. Eur J Dermatol. 2021;31(1):22-31.
