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真菌多样性分析ITS序列

      ITS序列是内源转录间隔区(Internally Transcribed Spacer),位于真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之间,分别为ITS 1和ITS 2。

         在真菌中,5.8S、18S和28S rRNA基因具有较高的保守性,而ITS由于承受较小的自然选择压力,在进化过程中能够容忍更多的变异,在绝大多数真核生物中表现出极为广泛的序列多态性。同时,ITS的保守型表现为种内相对一致,种间差异较明显,能够反映出种属间,甚至菌株间的差异。并且ITS序列片段较小(ITS 1和ITS 2长度分别为350 bp和400 bp),易于分析,目前已被广泛用于真菌不同种属的系统发育分析。 

微基生物进行人体健康相关的研究与应用:

  • 细菌16S rRNA
  • 真核18S rRNA
  • 古细菌16S
  • 真菌ITS
  • 功能基因

微基生物提供与人体健康相关的生信/统计服务:

物种组成图

样品群落结构分析柱状图、多样品对比树图、样品群落结构分析柱状图

微生物多样性分析/宏基因组

LEfSe差异分析

PCA差异分析

RDA环境因子分析

更多微生态方向研究和生物信息方面服务,请详询:400-660-9270

真菌多样性分析流程如下:

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          目前市面上常用的用于研究环境微生物的高通量测序平台有Illumina MiSeq,Roche 454和Ion Torrent PGM。针对于真菌ITS序列,MiSeq凭借其测序读长长、测序周期短、通量大等特点,成为使用最为普遍的测序平台。

          微基生物是国内首家采用Illumina-MiSeq 2×300 bp平台进行微生物生态研究,其最大读长可达到550 bp,能够很好地覆盖ITS 1和ITS 2序列,对其进行测序分析。 

生信分析流程

案例分析

         标题:Illumina metabarcoding of a soil fungal community

                    Soil Biology & Biochemistry (IF: 3.932)

its 01

研究领域:土壤微生物

分析物种:真菌

高通量测序平台:Illumina MiSeq

测序区域:ITS 1

主要结果:

its 02

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原文链接:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0038071713001867

参考文献:

Schmidt, P.-A., M. Bálint, B. Greshake, C. Bandow, J. Römbke and I. Schmitt (2013). “Illumina metabarcoding of a soil fungal community.” Soil Biology and Biochemistry 65: 128-132.