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真核生物 18S rRNA

  与细菌多样性分析类似,在真核微生物中也有三类核糖体RNA(rRNA),包括5.8S rRNA、18S rRNA和28S rRNA。
  18S rRNA基因是编码真核生物核糖体小亚基的DNA序列,其中既有保守区,也有可变区(V1-V9,没有V6区)。保守区域反映了生物物种间的亲缘关系,而可变区则能体现物种间的差异,适用于作种级及以上的分类标准。其中,V4区使用最多、数据库信息最全、分类效果最好,是18S rRNA基因分析注释的最佳选择。
18s

真核微生物18S rRNA基因组成及引物选择

微基生物进行人体健康相关的研究与应用:

  • 细菌16S rRNA
  • 真核18S rRNA
  • 古细菌16S
  • 真菌ITS
  • 功能基因

微基生物提供与人体健康相关的生信/统计服务:

物种组成图

样品群落结构分析柱状图、多样品对比树图、样品群落结构分析柱状图

微生物多样性分析/宏基因组

LEfSe差异分析

PCA差异分析

RDA环境因子分析

更多微生态方向研究和生物信息方面服务,请详询:400-660-9270

真核微生物多样性分析流程图如下:

HTS

 

  • 数据库:Silva,RDP

  微基生物拥有Silva、RDP数据库,其中Silva数据库是目前信息最全、使用最广泛的数据库,目前涵盖非重复18S rRNA基因序列及分类信息51553条。

  微基生物是国内首家采用Illumina-MiSeq 2×300 bp平台进行微生物生态研究,其最大读长可达到550 bp,适合对真核生物18S rRNA基因的V4区进行测序分析。

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结果展示:

end 18s

案例分析:

标题:北冰洋中心区新开水域微微型浮游植物优势地位分析

extreme environmental microbiology

分析物种:微微型浮游植物

高通量测序平台:Roche 454

测序区域:18S V4区

主要实验结果:

  微微型浮游植物为该海域的优势群落,可占叶绿素生物量的44%-80%。青绿藻、硅藻、蓝细菌、金藻及甲藻为鉴定出的主要光合浮游生物纲,分别占到微微型浮游植物的0–88%, 2–80%, 0–20%, 4–14% 及2–11%。其中真核生物的优势属(种)为塔胞藻Pyramimonas (Pyramimonas gelidicola), 微胞藻Micromonas (Micromonas pusilla) 及棕囊藻Phaeocystis。值得注意的是,高通量测序分析的结果表明,塔胞藻要比泛北冰洋优势种微胞藻的相对丰度高3倍;而Pyramimonas gelidicola也为第一优势种,要比一直认为的北冰洋夏季第一优势种Micromonas pusilla高1.5倍。典型相关性分析(CCA)结果表明:纬度和盐度是影响微微型浮游植物群落组成及分布的主要因素。

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图1 微微型浮游植物的群落组成及环境因子分布的CCA展示图

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图2 微微型浮游植物的群落组成(基于HPLC 色素分析及CHEMTAX方法)

原文链接:http://link.springer.com/article/10.1007/s00300-015-1662-7

参考文献:

  Zhang, F., J. He, L. Lin and H. Jin (2015). “Dominance of picophytoplankton in the newly open surface water of the central Arctic Ocean.” Polar Biology 38(7): 1081-1089.