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常见问题

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高通量测序平台相关问题

PCR-DGGE相关问题

常规样本寄送及保存


高通量测序平台相关问题


1、什么是OTU 、PCA、RDA?
  答:OTU(Operational Taxonomic Units)是在系统发生学研究或群体遗传学研究中,为了便于进行分析,人为给某一个分类单元(品系,种,属,分组等)设置的同一标志。
  PCA即主成分分析。将多个变量通过线性变换以选出较少个数重要变量的一种多元统计分析方法。
   RDA即冗余分析,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析。

2、什么是Reads、Run、Barcode?
  答:Reads: 高通量测序平台产生的序列标签就称为reads。
  Run:指高通量测序平台单次上机测序反应。
  Barcode:与Index同义,多指在Roche GS FLX 454测序平台的16S PCR产物的测序过程中接头序列所包含的的用来区分不同样本的序列。

3、什么是高通量测序(NGS)?
  答:高通量测序技术是对传统Sanger测序革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing,NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。

4、高通量测序平台和DGGE分析环境微生物多样性,它们之间的区别?
  答:一般认为土壤、海洋、肠道等生态系统中的微生物数量繁多、种类多样。传统的培养方法只限于对环境样品中极少部分(0.1%-1%)可培养的微生物类群的研究。 DGGE技术操作复杂、成本高、痕量菌发现困难,在其实验结果中往往只含有数十条条带,只能反映出样品中的优势种群,也无法得到细菌种类的绝对数量。而高通量测序技术能同时对样品中的优势种群及微量的劣势种群进行检测,获得样品中的微生物群落组成,并将其含量进行数字化,而且每个样品的测序量达到普通测序的几百倍,而单条序列的测序费用远低于普通测序。

5、Misq平台和罗氏454平台之间的区别在于?
  答:罗氏454高通量测序技术能同时对样品中的优势物种、稀有物种及一些未知的物种进行检测,获得样品中的微生物群落组成,并将其含量进行数字化。测序费用比较高,后期数据分析比较麻烦。MiSeq高通量测序平台集中了Roche 454和Illumina HiSeq 2500的优点,不仅可实现对多样品的多个可变区同时测序,而且在测序速度和测序通量上都有进一步提升,而且测序费用相对于罗氏454便宜很多,后继分析没有那么麻烦。

6、做高通量平台分析整个实验周期是多少天?
  答:根据不同客户的要求,实验周期也不尽相同。我们在接到客户提供的样品后,即刻进行实验,至全部实验及数据分析结束,一般控制在40个工作日内完成。

7、需要多少测序量?
  答:由于不同环境样品的物种成分、丰度都各不相同,所需的测序量也不一样。我们会根据合作伙伴样品的具体情况及研究目的,进行测序深度数据库检索,给合作伙伴提供合理建议。

8、测序条数?
  答:我们保证单个样本测序条数高于1.8万条/样本,样本平均测序条数高于3万条/样本。同时可以按照客户需求增加测序条数。

9、实验结果含那些数据?
  a. 汇总统计全部的测序结果。
  b. 将全部序列进行比对,进行聚类/OTU划分, 列出每个OTU的代表序列。
  c. 种属鉴定,与SILVA数据库进行比对,判断每类OTU详细的分类信息。
  d. 热图分析
  e. PCA分析
  f. 根据测序序列与标准菌株序列,建立系统发育树分析。
  h. VENN 图
  i. RDA 分析 

PCR-DGGE相关问题


1、什么是DGGE?
  答:DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis) 即变性梯度凝胶,是利用DNA在不同浓度的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁移率发生变化,从而将片段大小相同而碱基组成不同的DNA片段分开。

2.DGGE应用领域
  答:DGGE作为一种成熟的分子生物学技术被广泛应用于生物学、医学等领域。

3、是否可以参与实验?
  答:公司原则上不允许参与实验的,可以参观实验室。

4、一板DGGE胶的样品量?
  答:DGGE胶板一般是16个孔,但是由于电泳过程中,胶两侧的电流会影响两边的电泳效果,导致条带扭曲。为了保证后记实验分析的准确性,建议在12个样品以内。

5、样品能否返还?
  答:根据客户的需求,如果需要返还,由公司工作人员联系客户后寄送。如果不需要返还,我们会在实验完成后60天后将样品进行销毁处理。

6、实验周期?
  答:根据不同客户的要求,实验周期也不尽相同。我们在接到客户提供的样品后,即刻进行实验,至全部实验及数据分析结束,一般控制在40个工作日内完成。

7、DGGE分析原核微生物多样性,主要分析哪些区域?选择区域的依据是什么?
  答:公司针对原核微生物的9个高变区域都进行过多样性分析,目前客户做的最多的还是V1-V3区域。我们可以根据客户的要求,选择相应的扩增区域。

8、真核微生物多样性分析,主要做哪些区域?
  答:真核生物主要是做V1-V3区域。真菌可以针对ITS1、ITS2进行分析。

9、克隆转化能保证多少个有效的测序结果?
  答:根据客户的要求,每个条带可以提供3个有效序列。

10、DGGE分析微生物群落要做平行样吗?
  答:DGGE分析环境微生物多样性,一般不需要做平行样。

11、如何保证实验数据的准确性?
  答:我们在每一步实验操作过程中都会防止各个样品之间出现交叉污染的情况,从基因组DNA提取到最后的克隆转化,我们都严格把关,确保每个数据的准确性和真实性。

12、如果实验数据和预期不符,如何解决?
  答:如果出现该种情况,我们会综合考虑多种因素,具体解决方案由双方协商解决。

常规样本寄送及保存


  1、基因组DNA:样品浓度不低于50 ng/ul,总体积不少于20 ul。对于未抽提的基因组DNA,样本量不低于2g.(如土壤、粪便、动物组织、肠道内容物等)
  2、水样:2L以上水过滤后的滤膜,若环境中微生物丰富,可适当减少水的体积。
  3、分泌物:2-3 mL(唾液、鼻涕、汗液、泪水等)
  4、非致病性:如果您的菌体带有致病性,请您提供加热处理后的基因组DNA。我们不接受有致病性的样品。
  5、寄送温度:推荐干冰低温运输。
  6、请尽量避免样本送达时间在节假日,以确保您的样本能及时送达。
  7、特殊样本或珍贵样本请提前联系我公司,经我公司允许后寄送。