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分级发育树

  NCBI 提供了已有微生物物种的分类学信息数据库( 数据库文件下载地址:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/),数据库中包含微生物的分类学系统关系树。在前述分类学分析中,已经得到了每个OTU 的丰度和对应的分类学信息,将测序得到的物种丰度信息回归至数据库的分类学系统关系树中,可以从整个分类系统上全面了解测序的环境样品中所有微生物的进化关系和丰度差异。

  软件及方法:MEGAN(http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan/)。导入分析数据中样品包含的物种及物种丰度,通过交互式搜索NCBI 的分类数据库信息,以树状图形式表现物种的丰度情况和群落结构,反映微生物的组成情况,这种方法构建的系统树不同于利用序列碱基差异构建的系统发育树,不能反应物种间的时间进化信息。

参考文献:
  Huson, DH, Mitra, S, Weber, N, Ruscheweyh, H, and Schuster, SC (2011). Integrative analysis of environmental sequences using MEGAN4. Genome Research, 21:1552-1560.

single samples Taxonomy analysis tree
单样本分类学发育树

例图:

Multi samples Taxonomy analysis tree
多样本分类学发育树

Multi samples Taxonomy analysis tree

  注:图中的支点表示该处在NCBI 数据库中有相应的Taxonomy 记录,支点附近有该英文名称拼写。多个样品同时作图时,可在树枝或结点处通过小型饼状图以不同颜色表示不同样品的相对丰度差异。