宏基因组

    宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，不需对微生物进行分离培养，而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度，探索微生物与环境及宿主之间的关系。
    目前，第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落，挖掘更多基因资源方面的应用。

技术路线：

 

部分结果展示：

微生物的多样性与相对丰度

 

eggNOG功能注释

KEGG代谢通路

文献解读

标题：Distinct composition and metabolic functions of human gut microbiota are associated with cachexia in lung cancer patients

肺癌患者肠道菌群的独特组成及代谢功能与恶病质有关

ISME Journal (IF:9.18)

主要结果：

在31名肺癌患者中，非恶病质与恶病质组（n=12）患者在肠道菌群组成、宏基因组功能通路和相关血浆代谢物方面存在显著差异。

恶病质患者血浆中支链氨基酸、甲基组胺和维生素存在显著消耗，相关肠道菌群功能通路的也存在损耗，恶病质患者肠道菌群的脂多糖生物合成能力显著升高。癌症恶病质引起的肠道菌群功能变化。非恶病质患者中支链氨基酸和3-氧代草酸的富集分别与肠道普氏杆菌和加氏乳杆菌正相关。

原文链接： https://www.nature.com/articles/s41396-021-00998-8

参考文献：Ni, Y., Lohinai, Z., Heshiki, Y. et al. Distinct composition and metabolic functions of human gut microbiota are associated with cachexia in lung cancer patients. ISME J (2021). https://doi.org/10.1038/s41396-021-00998-8