在线客服

根系微生物

  微基生物提供根系微生物多样性分析的整体科研服务:实验规划->样本采集保存->分子实验->生信统计分析->论文协助

  微基生物采用高通量测序、PCR-DGGE、实时荧光定量PCR等方法,对样本中的DNA进行序列测定,并通过生信统计分析,对大量数据进行处理,揭示肠道中微生物的种类以及它们之间的相对丰度和进化关系,探讨微生物多样性,研究根系微生物与环境间的相关关系。

技术路线:

11

高通量分析流程

PCR-DGGE technical route

PCR-DGGE分析流程

检测平台:

  微基生物拥有Illumina MiSeqIon PGMRoche 454高通量测序分析,PacBio第三代高通量测序分析,PCR-DGGE变性梯度凝胶分析,实时荧光定量PCR(Real-time qPCR),克隆文库等检测平台。

样品采集:

  微基生物为客户提供样品采集的配套工具,如采集盒、保存液、取样勺和保存管等。

送样要求:

样品原样

  (1)样品类型:根系微生物,新鲜取样,冻存于-80℃

  (2)样品需求:≥2g

  (3)样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输

DNA类型

  (1) 样品类型: DNA

  (2) 样品需求量:≥300ng

  (3) 样品浓度: ≥10ng/μL

  (4) 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解

  (5) 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输

  (6) 对于本种类型的样品,我们在检测完样品的质量后,进行PCR扩增等后续试验

生物信息与统计学服务:

Microsoft Word - 人体微生物.docx

  生信分析项目

  更多微生态方向研究和生物信息方面服务,请详询:400-660-9270

标题:运用PCR-DGGE焦磷酸测序分析(Roche 454)对红树林湿地和根围古菌的多样性分析

rhizosphere-microbiome01

研究领域:根系微生物

分析物种:古菌

研究区域:16S rRNA V4 and V5 regions

研究方法:PCR-DGGE和Roche 454

主要结果:

  1. 实验DGGE结果

rhizosphere-microbiome02  2.两个PCO轴和展示了所有数据集58%的变种,(根围上、中、下古菌菌群的展示)

rhizosphere-microbiome03  3.采用重测样对16S rRNA的样本宽度和样本测序丰富度曲线

rhizosphere-microbiome04

4.运用RDP的分类器算法统计出古菌16S rRNA在三个不同地方的差异

rhizosphere-microbiome05

5.根际微生物中不同地方占主导地位OUT的相关关系

rhizosphere-microbiome06

6.被检索到的古菌序列的具体分类

rhizosphere-microbiome07

原文链接:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22660713

参考文献:

Pires, A. C., D. F. Cleary, A. Almeida, A. Cunha, S. Dealtry, L. C. Mendonca-Hagler, K. Smalla and N. C. Gomes (2012). “Denaturing gradient gel electrophoresis and barcoded pyrosequencing reveal unprecedented archaeal diversity in mangrove sediment and rhizosphere samples.” Appl Environ Microbiol 78(16): 5520-5528.