在微生物多样性分析的研究中,我们经常会寻找某个微生物或多个微生物的基因序列。你知道从哪里寻找吗?找到后怎么down下来吗?
小编跟大家分享一下寻找和下载基因序列的经验!
我们以常用的NCBI为例,来给大家做个图文介绍!
NCBI是一个强大的数据库,也是生物学科经常使用的搜索引擎,它收纳了大量的基因序列。我们以大肠杆菌为例下载它的基因序列。
第一步,打开NCBI官方主页
第二步,搜索大肠杆菌的序列。选择Nucleotide数据库,输入大肠杆菌的拉丁名,记住一定是拉丁名!Escherichia coli!(不知道拉丁名的可以去找度娘)然后点击 Search
第三步,选择我们需要的结果。数据库会搜索出多个结果,通过甄别选出我们想要的序列1,对此进行勾选
第四步,下载所选的基因序列。在右上角,点击Send to 的黑色小三角,出现Choose Destination对话框,按照下图进行选择,下载格式为FASTA的大肠杆菌序列
要想批量下载基因序列,首先要拿到基因的“身份证号”!每个基因都有它“身份证号”Accession number,NM和GI
我们以5个基因序列为例,用NM和GI搜索下载基因序列。在NCBI的Nucleotide数据库输入NM_007678 NM_004642 NM_145918 NM_024504 NM_014847或GI:131886531 GI:394025684 GI:125987604 GI:359718918 GI:188497757(注意每个之间要加入空格哟)。点击“Search”后,会展示5个基因序列
选中1-5,点击右上角的Send to 下的小三角,出现Choose Destination对话框,按照下图进行选择,点击Create File
但是,需要注意的是,下载的序列是个“复合体”,5个序列集合到一起了。
不要着急,小编偷偷的告诉你一个小技巧!
选择合适的软件,如DNAstar,对其进行打开,把下载的序列FASTA拖到软件中,会自动识别5个序列
这样就大功告成了!
在NCBI中还可以对序列进行比对、设计引物等,功能非常强大!
以后小编会为大家逐一进行介绍哟!