菌株特异性TaqMan探针/引物设计

高特异性、高灵敏度、全流程服务，助力微生物检测与定量

 

服务简介 

针对特定微生物菌株定量检测，微基生物提供基于全基因组序列的菌株特异性TaqMan探针/引物设计、合成及验证服务，确保探针/引物的高特异性和扩增效率，满足复杂微生物群落背景下的单菌株检测需求。

服务亮点 

1.高特异性与灵敏度

全基因组比对和优化设计，确保引物/探针仅与目标序列高度匹配，避免非特异性扩增。

2.灵活的检测方法

提供qPCR探针法和液滴数字PCR（ddPCR）技术方案，满足不同样本类型和研究需求。

3.全流程服务

数据库构建到引物/探针设计、验证与优化，再到大规模检测，一站式解决实验需求。

4.可靠的数据支持

严格的质量控制和优化流程，确保实验结果的准确性和可重复性。

服务流程 

1.数据库构建

通过查询菌株的序列信息，构建该菌株的全基因组数据库。

2.特异性引物/探针设计

利用生物信息学工具，设计针对目标菌株的特异性引物或探针。

3.验证及优化

合成设计好的引物，并进行特异性、扩增效率等验证和优化。

4.大规模检测

使用验证通过的引物进行菌株特异性进行大规模检测。

检测方法 

1.TaqMan qPCR探针法

利用与目标菌株核酸序列特异性结合的探针，提高检测灵敏度和特异性。

验证方法：通过分析特异性、灵敏度和重复性来验证引物和探针。使用已知含目标菌株DNA的样本检测特异性；稀释目标DNA模板测灵敏度；重复实验计算Ct值和标准差评估重复性。

3.ddPCR定量检测

将反应体系分割成大量纳升液滴，每个液滴独立进行PCR反应，通过阳性和阴性液滴数量比计算目标核酸绝对拷贝数。

验证方法：通过与传统培养法或qPCR法比较验证ddPCR引物和探针。将ddPCR结果与培养法计数结果比较，评估准确性；与qPCR法比较，分析相关性和一致性，同时分析重复实验液滴数量分布和标准差评估重复性。

客户提供信息 

提供该菌株的拉丁文全名。提供菌株的测序结果（建议提供全序列而非16S全长序列）。

案例分享 

案例1：艰难梭菌毒素基因的绝对定量检测（Establishment and application of absolute quantitative PCR method for tedA and tcdB genes of Clostridioides difficile.2025）

通过对产毒性艰难梭菌的tedA和tcdB基因进行特异性引物和探针设计，结合qPCR技术，实现对产毒性艰难梭菌的高灵敏度和特异性的定量检测。该方法具有线性范围广、灵敏性高、特异性和可重复性良好等特点。

 

案例2：ddPCR系统在病原微生物检测中的应用（Qualitative and quantitative detection of surgical pathogenic microorganisms Escherichia coli and Staphylococcus aureus based on ddPCR system.2021）

利用微滴数字PCR（ddPCR）系统对外科病原微生物大肠杆菌和金黄色葡萄球菌进行定性和定量检测。通过设计针对特定基因的引物和探针，结合ddPCR技术实现高精度定量检测。研究证明ddPCR系统在血液样本中具有极高的检测准确性。

ddPCR系统同时检测模拟细菌血样(大肠杆菌ATCC25922和金黄色葡萄球菌ATCC25923)的定量结果。

 

菌株特异性TaqMan探针/引物设计及验证是微生物检测与定量研究的关键，qPCR探针法、ddPCR技术各有特点，适用于不同场景下的菌株检测与定量分析。