古细菌多样性分析16S rRNA

luoyuanquan — Sat, 18 Jul 2015 05:43:40 +0000

古细菌（archaebacteria）又叫古生菌、古菌，是一类很特殊的细菌，同时具有原核生物和真核生物的某些特征。古细菌多生活在各种极端的生态环境中，它们代表了生命的极限，确定了生物圈的范围。古细菌和真细菌、真核生物一起，构成了生物的三域系统。古细菌分为泉古菌、广古菌、初古菌和纳古菌。具有代表性的古细菌有极端嗜热菌、极端噬盐菌、极端嗜酸菌、产甲烷古菌、嗜热菌、噬盐菌等。微基生物根据文献中常用的古菌引物，在Silva数据库中搜索，对古细菌测序引物进行了分析比较，结果如下图所示。在所有搜索结果中，引物对519F/915R和344F/915R对于古细菌的特异性较好。其中，引物519F/915R适合Illumina MiSeq 2×300 bp的测序平台，而引物344F/915R则更适合于Roche 454测序平台。

古细菌不同引物对搜索结果

微基生物进行人体健康相关的研究与应用：

细菌16S rRNA
真核18S rRNA
古细菌16S
真菌ITS
功能基因

细菌或原核16S rRNA

真核生物18S rRNA

古细菌16S rRNA

真菌ITS

功能基因

微基生物提供与人体健康相关的生信/统计服务：

生物信息与统计学分析

物种组成图 （样品群落结构分析柱状图、多样品对比树图、样品群落结构分析柱状图） 微生物多样性分析/宏基因组 LEfSe差异分析 PCA差异分析 RDA环境因子分析等

更多微生态方向研究和生物信息方面服务，请详询：400-660-9270 古细菌多样性分析的流程图如下：

High throughput sequencing flow chart

数据库：Silva，GreenGene，RDP

微基生物拥有Silva，GreenGene，RDP三大数据库。其中Silva数据库涵盖了古细菌16S rRNA基因序列及其对应分类信息18797条。

高通量测序

目前市面上常用的用于研究环境微生物的高通量测序平台有Illumina，BGI，PacBio和Thermo Ion。其中Illumina平台的测序读长长、测序周期短、通量大，成为常用的测序平台。

微基生物是国内首家采用Illumina-MiSeq 2×300 bp平台进行微生物生态研究。对古细菌进行测序分析积累了丰富的经验。

生信/统计分析

古细菌生物信息分析流程

Bioinfor-statistic analysis

结果展示：

案例分析

标题：在污水处理活性污泥中已知的和未可培养的古细菌种群组成 研究领域：污水处理，活性污泥 分析物种：古细菌 高通量测序平台：Illumina MiSeq 主要结果： （1）12中样品中古细菌的Rarefaction curve （2）12个污水处理活性污泥样本中古细菌的PCoA分析（3）12个活性污泥样品中古细菌的群落组成

（A）已知的古细菌属；（B）未可培养的古菌

（4）污水处理活性污泥中古细菌的进化树 原文链接：http://link.springer.com/article/10.1007/s00248-014-0525-z 参考文献： Kuroda, K., M. Hatamoto, N. Nakahara, K. Abe, M. Takahashi, N. Araki and T. Yamaguchi (2015). “Community composition of known and uncultured archaeal lineages in anaerobic or anoxic wastewater treatment sludge.” Microb Ecol 69(3): 586-596.

古细菌多样性分析16S rRNA，首发于微基生物。

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