肠道微生物和癌症看似毫不相关，可是你能想象的到肠道内的微生物能够影响癌症的治疗效果吗？最近法国里尔大学的研究人员在学术顶级杂志《Science》上发表了篇文章，他们将一种特殊的细菌导入到患黑色素瘤小鼠的消化道中，提高了小鼠免疫系统攻击肿瘤细胞的能力。

　　Ipilimumab、nivolumab和pembrolizumab等药物通常用于黑色素瘤、肺癌等癌症的治疗，但是一些服用这种药物的病人会出现肠道炎症。肠道内的细菌会与这种药物发生相互作用吗？Marie Vetizou和同事对此展开相关研究。

　　他们选取了两种患有黑色素瘤的小鼠——正常小鼠和无菌小鼠，分别给它们注射Ipilimumab，结果发现，Ipilimumab可以治疗正常小鼠，但是不能治疗无菌小鼠。科学家们还发现当正常小鼠使用抗生素后，Ipilimumab抗肿瘤的功效降低。之后研究人员对小鼠粪便样本中的核糖体RNA进行测定分析，发现Ipilimumab会引起肠道中拟杆菌和伯克霍尔德氏菌的减少。当研究人员给无菌小鼠和使用抗生素的小鼠补充这些微生物后，Ipilimumab抗肿瘤的功效恢复。

　　为了在临床实践中测试这些结果，研究人员采集了25名患黑色素瘤病人的粪便样本，测定了其中的拟杆菌。随后研究小组将粪便样本移植到无菌小鼠的体内，并在2周后对其进行Ipilimumab的治疗，结果发现接受了更多拟杆菌移植的小鼠，对黑色素瘤的治疗产生了更好的效果。

　　肠道细菌到底如何影响免疫系统和癌症治疗，现在还不明确。但就目前的研究来看，肠道微生物确实在癌症治疗中扮演着非常重要的角色。

肠道微生物能影响癌症的治疗？_肠道微生物_微基生物，首发于微基生物。

目前微基生物已与中科院、北京大学、清华大学、长征医院、红房子医院等多所高校科研院所和三甲医院合作，已检测过人、小鼠、大鼠、猴子等多种动物的粪便及肠道内容物。微基生物可采用二代高通量测序、三代高通量测序、PCR-DGGE等方法，对样本中微生物的DNA进行测定，并通过生信统计分析，对大量数据进行处理，揭示肠道中微生物的种类以及它们之间的相对丰度和进化关系；还可以通过实时荧光定量PCR方法，定量的研究肠道菌群，探讨微生物多样性，研究肠道微生物与环境间的相关关系；还可以通过厌氧培养，获得肠道微生物中的菌种，从菌株水平上研究肠道微生物的功能和作用。

目前肠道微生物的主要研究方向：
（1）寻找疾病组和健康组间肠道菌群的差异：
分别采集健康人群和疾病人群的粪便样本，比较健康组和疾病组之间肠道菌群的差异，寻找与疾病相关的marker，这是目前最典型的研究方法；
（2）研究药物或饮食干预群体的肠道菌群：
分别采集药物或饮食干预前、后的群体的粪便样本，比较个体在不同干预阶段的肠道菌群的差异；
（3）同一群体、不同生长发育时期的肠道菌群：
如分别采集婴儿出生后0个月、4个月、12个月等时间的粪便样本，对婴幼儿的肠道菌群进行研究；
（4）研究某一疾病发生发展进程中的群体的肠道菌群：
如分别选择健康人、结直肠腺瘤患者（大部分的结直肠癌由腺瘤演变而来）、结直肠癌患者群体，研究与结直肠癌疾病进程相关的marker；
（5）研究同一群体多个身体部位的微生物：
如分别选取同一人群的粪便、唾液、牙菌斑等样本进行关联分析。

微基生物可以做什么：
（1）研究样本中微生物的种类及其对应的丰度；
（2）对样本中某一种微生物进行定量；
（3）通过厌氧培养获得样本中微生物的菌株。

微基生物提供肠道微生物多样性分析的整体科研服务：实验规划->样本采集保存->分子实验->生信统计分析->论文协助

已检测对象：
人、小鼠、大鼠、猴子、鸡、羊、鱼、马、驴、熊猫、穿山甲等动物的粪便或肠道内容物；

检测类型：
细菌、真菌、放线菌等；

检测方法：
二代高通量测序、三代高通量测序、PCR-DGGE、实时荧光定量PCR、厌氧培养；

检测平台：
（1）微基生物拥有Illumina MiSeq、Ion PGM高通量测序分析，PacBio第三代高通量测序分析，PCR-DGGE变性梯度凝胶分析，实时荧光定量PCR（Real-time qPCR），克隆文库等检测平台。
（2）具有厌氧培养系统，可以分离粪便样本中的微生物。

样本采集耗材：
为客户提供样本采集保存耗材，包括粪便采集盒、常温保存液、取样勺和保存管等。

样本采集方法：
（1）人粪便：采集新鲜的、中后段、内部的粪便样本，每个样本需1g，采好后立刻冻存于-80℃冰箱，保存期间切记反复冻融。
（2）小鼠粪便：建议采用拎尾法或者代谢笼采集新鲜粪便，每个样本需1g，采好后立刻冻存于-80℃冰箱，切记反复冻融。
（3）大鼠粪便：可采用代谢笼采集新鲜粪便样本，每个样本需1g，采好后立刻冻存于-80℃冰箱，切记反复冻融。
对于其他样本的采集，可咨询微基生物技术支持，400-660-9270.
若无法实现低温保存，可采用微基生物研发的常温采集保存套装，可在常温下保存14天。

送样要求：
（1）粪便样本或肠道内容物样本：每样本需1g，新鲜取样，冻存于-80℃，保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输；
（2）DNA样本：DNA总量≥300ng，浓度≥10ng/μL，OD260/280=1.8-2.0，并确保DNA无降解，样本保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。

技术路线：

高通量分析流程

PCR-DGGE分析流程

生物信息与统计学服务：

案例分析：

标题：巴布亚新几内亚人肠道微生物：组成，多样性及生态形成过程 （Cell Reports, IF: 8.358）

研究领域：肠道微生物

分析物种：细菌

高通量测序平台：Illumina MiSeq

测序区域：16S rRNA gene V5-V6 region

主要结果：

(1）PNG和US人群肠道微生物多样性分析

（2）细菌多样性图谱

　　（3）

（4）

原文链接：http://www.cell.com/cell-reports/abstract/S2211-1247(15)00340-Xv

参考文献：

Martinez, I., J. C. Stegen, M. X. Maldonado-Gomez, A. M. Eren, P. M. Siba, A. R. Greenhill and J. Walter (2015). “The gut microbiota of rural papua new guineans: composition, diversity patterns, and ecological processes.” Cell Rep 11(4): 527-538.

微基生物进行人体健康相关的研究与应用：

肠道微生态，首发于微基生物。

　　微基生物提供消化道微生物多样性分析的整体科研服务：实验规划->样本采集保存->分子实验->生信统计分析->论文协助

　　微基生物采用高通量测序、PCR-DGGE、实时荧光定量PCR等方法，对样本中的DNA进行序列测定，并通过生信统计分析，对大量数据进行处理，揭示肠道中微生物的种类以及它们之间的相对丰度和进化关系，探讨微生物多样性，研究消化道微生物与环境间的相关关系。

技术路线：

高通量分析流程

PCR-DGGE分析流程

检测平台：

　　微基生物拥有Illumina MiSeq、Ion PGM、Roche 454高通量测序分析，PacBio第三代高通量测序分析，PCR-DGGE变性梯度凝胶分析，实时荧光定量PCR（Real-time qPCR），克隆文库等检测平台。

样品采集：

　　微基生物为客户提供样品采集的配套工具，如采集盒、保存液、取样勺和保存管等。

送样要求：

样品原样

　　(1)样品类型：消化道内容物，新鲜取样，冻存于-80℃

　　(2)样品需求：≥2g

　　(3)样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输

DNA类型

　　(1) 样品类型： DNA

　　(2) 样品需求量：≥300ng

　　(3) 样品浓度： ≥10ng/μL

　　(4) 样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解

　　(5) 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输

　　(6) 对于本种类型的样品，我们在检测完样品的质量后，进行PCR扩增等后续试验

生物信息与统计学服务：

　　生信分析项目

更多微生态方向研究和生物信息方面服务，请详询：400-660-9270

消化道微生物，首发于微基生物。