微基生物 » 微生物多样性分析

基于16S rRNA基因的微生物多样性分析—高通量测序

luoyuanquan — Wed, 30 Dec 2015 01:31:17 +0000

　　我们经常在文献或者报告中看到或听到高通量测序。什么是高通量测序技术？它的优势有哪些？它的流程是什么？在本期的视频中我们将为大家简单介绍下基于16SrRNA基因的高通量测序技术。为了让大家更深刻的了解高通量测序，在视频的后面，展示了一个由我们公司协助完成的用高通量测序技术检测土壤中微生物的案例！

基于16S rRNA基因的高通量测序分析

案例介绍

文章简介：国家海洋局第一海洋研究所利用高通量测序平台对南极菲尔德斯半岛土壤微生物多样性进行研究。该研究成果发表于《Frontiers in microbiology》（影响因子3.989）

英文题目：Diversityand structure of soil bacterial communities in the Fildes Region（maritime Antarctica）as revealed by 454 pyrosequencing

中文题目：南极菲尔德斯半岛土壤细菌群落多样性和结构的研究

测序平台：Roche454

测序区域：16SV1-V3

分析样本：土壤样本

　　要点简析：采用高通量测序技术对南极地区菲尔德斯半岛的人类聚居地、企鹅聚居地、海象聚居地和原始区域土壤细菌群落多样性和结构进行研究。研究表明四种类型土样的细菌群落结构存在显著差异，通过冗余分析发现，pH、磷、有机碳、有机氮是影响土壤细菌群落分布的最主要因素。

　　研究背景：南极气候非常恶劣，其简单的生态系统极易受到气候变化、人类活动等干扰因子的影响。近年来随着气候的变暖，无冰的区域将扩大，企鹅、海象将逐渐增多，人类活动将更加频繁，陆地微生物可能会发生变化，因此很有必要了解南极地区无冰区土壤微生物和人类、动物之间的关系。

　　菲尔德斯半岛是南极地区最大的无冰区，人类活动频繁，企鹅和海象也比较常见。因此选择在该地区采用454高通量测序技术，对人类聚居地、企鹅聚居地、海象聚居地和原始区域土壤细菌群落多样性和结构进行研究。

主要结果：

　　在4种类型土样中，土壤细菌多样性最大的是企鹅聚居地土壤，其次是原始土壤、人类聚居地土壤和海象聚居地土壤。4种类型的土样中都含有丰富的变形菌门、放线菌门、酸杆菌门、疣微菌门。4种类型土样的化学性质和细菌群落的结构存在显著差异。4种类型土壤中，热袍菌门、蓝藻、纤维杆菌门、耐辐射嗜、绿菌门在丰度上存在显著差异。通过基于距离的冗余分析发现，pH、磷、有机碳、有机氮是影响土壤细菌群落分布的最主要因素。

样品的Venn图

50个OTUs的网络图

基于16S rRNA基因的微生物多样性分析—高通量测序，首发于微基生物。

联系我们

luoyuanquan — Fri, 23 Oct 2015 17:33:27 +0000

微基生物科技（上海）有限公司

您好，欢迎您关注微基生物公司网站，如果有需要改进的地方，欢迎您提供宝贵的意见和建议！ 微信公众账号（TinyGene）：

扫描关注收获更多惊喜

微基网站：http://www.tinygene.com

电话：400-660-9270 021-50763698

传真：021-51685182

邮箱：marketing@tinygene.com

400电话/企业QQ：400-660-9270

地址：上海浦东川沙路159弄88号1栋3楼

联系我们，首发于微基生物。

水体微生物多样性分析

luoyuanquan — Fri, 28 Aug 2015 03:02:47 +0000

　　基于16S rRNA基因、18S rRNA基因和ITS序列，利用NGS测序技术（Roche 454 、Illimina MiSeq、Ion Torrent PGM）来分析水源（包括河水、湖水、冰川融水、海水等）微生物（包括原核微生物、真核微生物）的多样性，解析不同环境样本中的微生物多样性差异，同时，第二代高通量测序拥有庞大的数据信息，更能进一步统计分析出不同的水源环境中影响微生物群落及多样性的主要因素。水体中微生物种类繁多，数量巨大，通过对水体微生物的种群结构和多样性进行解析并研究其动态变化，即可为充分了解水源微生物组成、优化群落结构、调节群落功能提供可靠的依据。

高通量测序流程：

高通量测序技术优势

　　1.测序通量高，可检测到环境样品中的痕量微生物。
　　2.实验操作简化，无需构建复杂的基因文库。
　　3.PCR产物可直接进行测序，结果稳定，重复性强，实验周期短。
　　4.测序数据便于后期生物信息学分析，实验结果更能全面的反应环境中菌落的特点。

样品采集及运送：

　　新鲜样品：2L 以上水过滤后的滤膜，若环境中微生物丰富，可适当减少水的体积

　　DNA样品：请提供浓度大于 10ng/uL，总量大于 500ng 的基因组 DNA，DNA 纯度较差或降解严重会影响后继的扩增实验。如果方便的话，可提供电子版DNA电泳检测照片及 OD260/280=1.8-2.0比值

　　样品运送：送样时采用干冰保存运输；若是距离较远，建议采用干冰加冰袋，存放于冰盒中。

生信/统计分析

案例分析

标题：用Illumina测序的方法分析生长在厦门海域的赤潮异弯藻的细菌菌落动态变化情况

测序区域：16S rRNA

高通量测序平台：Illumina MiSeq

分析物种：细菌

主要结果

　　（1）赤潮样本与对照组的稀释性曲线和样本丰度柱形图

　　（2）属水平上的赤潮和对照组对应的种群结构

原文链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25684124
参考文献：
Yang, C., Y. Li, B. Zhou, Y. Zhou, W. Zheng, Y. Tian, J. D. Van Nostrand, L. Wu, Z. He, J. Zhou and T. Zheng (2015). “Illumina sequencing-based analysis of free-living bacterial community dynamics during an Akashiwo sanguine bloom in Xiamen sea, China.” Sci Rep 5: 8476.

水体微生物多样性分析，首发于微基生物。