合作单位，首发于微基生物。

　　微基生物采用高通量测序、PCR-DGGE、实时荧光定量PCR等方法，对样本中的DNA进行序列测定，并通过生信统计分析，对大量数据进行处理，揭示肠道中微生物的种类以及它们之间的相对丰度和进化关系，探讨微生物多样性，研究根系微生物与环境间的相关关系。

技术路线：

高通量分析流程

PCR-DGGE分析流程

检测平台：

　　微基生物拥有Illumina MiSeq、Ion PGM、Roche 454高通量测序分析，PacBio第三代高通量测序分析，PCR-DGGE变性梯度凝胶分析，实时荧光定量PCR（Real-time qPCR），克隆文库等检测平台。

样品采集：

　　微基生物为客户提供样品采集的配套工具，如采集盒、保存液、取样勺和保存管等。

送样要求：

样品原样

　　(1)样品类型：根系微生物，新鲜取样，冻存于-80℃

　　(2)样品需求：≥2g

　　(3)样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输

DNA类型

　　(1) 样品类型： DNA

　　(2) 样品需求量：≥300ng

　　(3) 样品浓度： ≥10ng/μL

　　(4) 样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解

　　(5) 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输

　　(6) 对于本种类型的样品，我们在检测完样品的质量后，进行PCR扩增等后续试验

生物信息与统计学服务：

　　生信分析项目

　　更多微生态方向研究和生物信息方面服务，请详询：400-660-9270

标题：运用PCR-DGGE和焦磷酸测序分析（Roche 454）对红树林湿地和根围古菌的多样性分析

研究领域：根系微生物

分析物种：古菌

研究区域：16S rRNA V4 and V5 regions

研究方法：PCR-DGGE和Roche 454

主要结果：

1. 实验DGGE结果

　　2.两个PCO轴和展示了所有数据集58%的变种，（根围上、中、下古菌菌群的展示）

　　3.采用重测样对16S rRNA的样本宽度和样本测序丰富度曲线

4.运用RDP的分类器算法统计出古菌16S rRNA在三个不同地方的差异

5.根际微生物中不同地方占主导地位OUT的相关关系

6.被检索到的古菌序列的具体分类

原文链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22660713

参考文献：

Pires, A. C., D. F. Cleary, A. Almeida, A. Cunha, S. Dealtry, L. C. Mendonca-Hagler, K. Smalla and N. C. Gomes (2012). “Denaturing gradient gel electrophoresis and barcoded pyrosequencing reveal unprecedented archaeal diversity in mangrove sediment and rhizosphere samples.” Appl Environ Microbiol 78(16): 5520-5528.

根系微生物，首发于微基生物。

　　对于微生物群落多样性分析，基于Roche 454 FLX +、Illumina MiSeq、Ion Torrent PGM等高通量测序平台，对核糖体DNA高变区域，比如16S/18S/ITS等序列或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因、硫酸盐还原菌的异化型亚硫酸盐还原酶基因进行测序分析，揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。

　　MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术，集扩增、测序和数据分析的测序仪，每次运行能产生超过7 Gb的数据，循环时间短、测序准确，通过专利的可逆终止试剂方法对数百万片段进行平行测序。当dNTP加入时，对荧光标记的终止子成像、切割、到下一个碱基的掺入。由于每个测序循环中四种可逆终止子结合的dNTP都存在，所以自然竞争让掺入偏差最小化。根据每个循环的荧光信号测定直接检出碱基，与其他技术相比大大降低了原始错误率和可靠的碱基检出。

MiSeq新型测序流程：
　　制备文库的DNA起始量可低至50 ng
　　簇生成和测序都在MiSeq上完成
　　最后在内置的仪器计算机上开展数据分析
平台优势：
　　价格低
　　Miseq测序长度长约500bp
　　高通量测序产出高
　　全自动的工作流程
　　最精准的数据质量
应用领域：
　　靶向重测序 (Targeted Resequencing)
　　PCR扩增：基于Nextera的快速文库制备（1.5小时）和36 bp测序
　　高度多重的扩增子测序 (Amplicon Sequencing)
　　杂交捕获 (Hybrid Capture)
　　16S宏基因组 (16S Metagenomics)
　　克隆检验 (Clone Checking)
　　小基因组测序 (Small Genome Sequencing)
　　de novo测序
　　重测序
　　质粒测序
　　RNA测序 (RNA Sequencing)
　　小RNA测序
　　RNA-seq
　　文库质控
　　调控
　　ChIP-seq

Roche 454
工作原理： 
　　454高通量测序是一种依靠生物发光进行DNA序列分析的新技术，在DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光素酶和双磷酸酶的作用下，将每一个dNTP的聚合与一次化学发光信号的释放偶联起来，通过检测化学发光信号的有无和强度，达到实时检测DNA序列的目的。
工作流程： 
　　1、文库制备：根据样品的种类和实验目的，将基因组DNA/cDNA片段化处理至300-800bp间，经末端修复与特异性接头连接等修饰后变性处理回收单链的DNA；
　　2、Emulsion PCR：单链DNA文库被固定在DNA捕获磁珠上，每个磁珠结合了一个独立的单链DNA片断。磁珠结合的文库被扩增试剂乳化，形成油包水的混合物，每个独特的片断在自己的微反应器里进行独立的扩增，而不受其他的竞争性或者污染性序列的影响。整个片段文库的扩增平行进行。扩增后产生了几百万个相同的拷贝。随后，乳液混合物被打破，扩增后仍结合在磁珠上的片段既可被回收纯化用于后续的测序实验；
　　3、测序反应：携带DNA片段的磁珠被放入PTP板中供测序反应使用。PTP孔的直径（29um）确保每个孔只能容纳一个珠子（20um）。然后将PTP板放置在GS FLX中，每个核苷酸依次流入开放的孔洞和DNA捕获磁珠建。每一个与模板链互补的核苷酸的添加都会产生化学发光的信号，并被测序仪CCD照相机所捕获；
　　4、数据分析：GS FLX系统在10小时的运行当中可获得100余万个读长，读取超过4-6亿个碱基信息，通过GS FLX系统提供两种不同的生物信息学工具对测序数据进行分析，并应用于不同领域。
技术特点： 

• 速度快
• 测序读长最长,平均400-500个碱基；
• 准确度高
• 一致性好
• 可以进行Pair－End测序研究；

应用范围：
　　1、全基因组测序
　　2、比较基因组研究
　　3、转录组和基因调节研究
　　4、扩增产物分析

Ion Torrent PGM
应用领域：微生物基因组测序和重测序，靶基因目标（扩增子）区域重测序
扩展性：半导体芯片技术
简捷：自然的生物化学原理
快速：2个小时完成测序
　　Ion Torrent Personal Genome Machine(个人操作基因组测序仪以下简称：PGM™)，相较其他测序技术，更简单、经济和扩展性更好的测序平台。PGM™台式系统配合革新性的半导体芯片技术，使整个平台具有极高的扩展性和快速完成测序的性能。
Ion Torrent技术通过专有的大规模并行半导体感应器，对DNA 复制时产生的离子流，实现直接和实时的检测。当试剂通过集成的流体通路进入 Ion Torrent 半导体芯片中，密布于芯片上的反应孔立即成为上百万个微反应体系。这种独特的流体体系，微体系机械设计和半导体的技术组合，使我们得以快速直接的将遗传信息翻译成数码的 DNA 测序结果，得到大量高质量的测序数据。
　　PGM™服务整合Ion Torrent 的半导体芯片、反应试剂盒、计算机服务器和数据分析套件为您提供最全面最优质的测序服务。
PGM™更高通量，更大价值，其测序通量完全超过其他测序通量高出至少一个数量级。

高通量测序平台，首发于微基生物。