微基生物专注农业微生物分离培养-菌株鉴定-功能验证-组学解析全链条技术服务，覆盖土壤、植物、堆肥等全类型样本。高效分离获得纯培养功能菌株，助力科研院所与高校快速获得优质菌株资源，支撑高分文章发表与菌剂产品开发。

土壤微生物的使用研究与应用过程

一、微基生物提供广筛型（探索未知）、靶向型（定向挖掘）分离培养服务

微基生物提供微生物需氧/厌氧活菌保存液，保障样本运输与菌株保存活性。

二、常见功能菌株类型

三、文献分享  冬小麦根际促生细菌筛选

标题：Study on the isolation of rhizosphere bacteria and the mechanism of growth promotion in winter wheat in response to drought stress

期刊：Frontiers in Plant Science（2025年8月）

DOI：10.3389/fpls.2025.1595554

核心亮点：从冬小麦根际分离7株促生细菌，系统评价固氮、解磷、产IAA、ACC脱氨酶、铁载体等功能；通过盆栽试验验证3株高效菌株对小麦抗旱与生长的促进效应；结合全基因组测序与比较基因组分析，首次揭示海藻糖合成、渗透调节、磷转运等基因簇介导的抗旱促生机制，为小麦抗旱生物菌剂开发提供优质菌种与理论支撑。

1.样本类型：冬小麦根际土壤（根际细菌分离）；冬小麦根组织（分离内生菌）。

2.细菌分离培养流程

冬小麦根内生细菌分离：根组织无菌水冲洗5min→70%酒精30s→1/100（v/v）次氯酸钠处理3min→无菌水冲洗5次，LB平板验证无菌落；消毒后根组织于无菌水培养皿过夜，复苏内生菌。取1mL根组织研磨悬液加入99mL无菌水/PBS，30℃、160rpm振荡2h，梯度稀释至10^-8。选取10^-6、10^-7、10^-8梯度，各取100μL涂布TSA平板，连续培养2周，标记单菌落。

根际细菌分离：根际土壤经梯度稀释后，采用稀释涂布平板法在TSA培养基上分离纯化，获得单菌落菌株。

3.功能验证技术方法

1）促生功能体外测定：固氮、解磷、铁载体、IAA、ACC脱氨酶的体外测定。

2）盆栽抗旱试验：设置正常与干旱胁迫组，测定株高、根长等生长指标。

3）基因组与功能基因分析：全基因组测序+比较基因组分析，定位关键基因簇。

4）菌株耐旱性测定：PEG6000模拟干旱（5%~30%），测定OD₆₀₀评价生长情况。

三、结果与图表解读

1. 菌株分离与鉴定：7 株放线菌门功能菌成功筛选

基于16S rRNA基因的菌株系统发育树

基于16S rRNA基因测序构建系统发育树，成功分离7株根际细菌，均属于放线菌门：Microbacterium、Arthrobacter、Paenarthrobacter等属。

2. 促生功能验证：3 株菌具备全能促生特性

表1 7株细菌的促生功能指标

4株菌具有解磷能力，T19解磷量最高（51.81mg/L）；I2、R4、K2同时具备固氮、解磷、产IAA、铁载体、ACC脱氨酶五大功能；I2铁载体活性最高（37.32%），R4 ACC脱氨酶活性最强。

3. 干旱胁迫下促生效果：K2菌株抗旱潜力突出

不同菌株对小麦株高与根长的影响

正常条件下I2、R4、K2使小麦株高分别提升5.17%、13.02%、12.14%；干旱条件下仅K2显著促进根系生长，根长提升11.94%，抗旱优势突出。

4. 基因组解析：功能基因簇揭示促生抗旱机制

3株高效菌株KEGG功能注释

I2、R4、K2 菌株基因组圈图

对I2、R4、K2进行全基因组测序与KEGG注释：3株菌基因组均富集碳水化合物代谢、氨基酸代谢、次生代谢产物合成核心通路，具备完整的环境适应与促生遗传基础；菌株含解磷（pstABCS）、固氮（nifUHJ）、ACC 脱氨酶（accABD）、海藻糖合成（treXYZ/ostAB）等功能基因簇，其中K2独有多重海藻糖合成通路，是其抗旱能力突出的核心原因。

本研究建立分离→功能筛选→盆栽验证→基因组解析”完整体系，筛选出的高效抗旱促生菌株，为小麦生物菌剂开发提供优质菌种与理论支撑。

农业微生物研究旨在通过分离、培养并筛选具有促进农作物增产、防治病害和调节土壤肥力等优良功效的微生物菌株，微基生物以专业的技术及多年经验累积为农业微生物菌株的研究提供更高效的解决方案，助力科研实验。

参考文献

1. Luo C H, He Y J, Chen Y P. Rhizosphere microbiome regulation: Unlocking the potential for plant growth[J]. Curr Res Microb Sci, 2024, 8:100322.

2. Zhang L J, Pan Y S, Qi Y J, et al. Study on the isolation of rhizosphere bacteria and the mechanism of growth promotion in winter wheat in response to drought stress[J]. Front Plant Sci, 2025, 16:1595554.

微基生物｜农业微生物功能菌株分离培养：从筛选到应用，首发于微基生物。

一、研究概况

2024年发表于Nature Communications（IF=17.694） 的重磅研究，首次证实鼻咽癌患者存在「口腔→鼻咽」微生物异常易位，明确具核梭杆菌（Fusobacterium nucleatum）、中间普雷沃菌（Prevotella intermedia）等关键菌株，揭示微生物与EBV协同促进鼻咽癌发生发展机制，为鼻咽癌肿瘤微生态研究、早期筛查与靶向干预提供核心依据。

文章标题：Microbes translocation from oral cavity to nasopharyngeal carcinoma in patients（口腔微生物向鼻咽癌患者肿瘤组织的移位）

二、严谨实验设计（肿瘤微生物多队列+多技术闭环验证）

1.研究队列设计   

NPC病例对照微生物组研究设计         培养组学研究流程设计

发现队列（Cohort 1）：70例NPC患者+86例健康对照，配对鼻咽拭子+口腔唾液样本，PacBio全长16S测序，进行物种水平分析。

验证队列（Cohort 2）：78例NPC患者+38例健康对照，Illumina 16S V4测序，进行属水平验证。

培养组学队列：48例受试者（34例NPC患者+14例对照），配对鼻咽拭子和唾液样本，进行微生物分离培养与菌株鉴定。

转录组验证队列：101例受试者组织（89例NPC患者+12例对照）,宏转录组测序。

2.核心技术与检测目的（全流程解析）

三、肿瘤微生物关键研究结果

结果1：鼻咽癌患者口腔–鼻咽微生物生态位消失

健康人群中，鼻咽部优势菌为棒状杆菌属、葡萄球菌属、痤疮皮肤杆菌属；口腔优势菌为链球菌属、奈瑟菌属、普雷沃菌属，微生物群组成差异显著；NPC患者中，两个部位的微生物群组成相似度显著升高（P<0.001），提示微生物生态位特异性丧失。

图1b：鼻咽菌群α多样性显著低于口腔；

图1c/d：PCoA分析显示NPC患者两部位菌群更趋近，组成相似性远高于对照组；

图1e：NPC 鼻咽富集口腔致病菌，共生菌显著减少；

图1f/g：高易位组 NPC 风险是低易位组4.51倍（OR=4.51，P=0.012）

结果2：口腔→鼻咽微生物易位显著升高鼻咽癌风险

来源追踪分析显示，NPC患者的口腔微生物向鼻咽部移位评分显著高于对照组；高移位组的NPC发病风险是低移位组的4.51倍（95%CI：1.47-16.04，P=0.012）；筛选出33种高移位组富集物种（以口腔优势菌为主）和11种depletion物种（以鼻咽部共生菌为主）。

图2a：NPC与对照鼻咽菌群结构显著分离；

图2b/c：NPC富集口腔致病菌，耗竭棒状杆菌、表皮葡萄球菌等共生菌；

图2d/e：NPC组口腔致病菌形成强正相关共生网络，对照组网络松散；

图2f–i：13种核心菌精准定义高风险亚型，诊断效能优异。

结果3：培养组学菌株水平实锤口腔→鼻咽微生物易位

培养组学验证：在2例NPC患者中分离到鼻咽部与口腔同源的具核梭杆菌菌株，3例患者中分离到同源的中间普雷沃菌菌株，全基因组ANI分析证实跨部位菌株高度同源（99.999%），彻底证实易位真实存在。

图3a–d：厌氧培养从NPC患者鼻咽与口腔分离到完全相同菌株。

图3e–h：ANI 值与进化树双重证实跨部位菌株同源，易位真实存在。

结果4：易位微生物侵入肿瘤内部，重塑促瘤免疫微环境

FISH和宏转录组证实，9/13种核心易位菌定植于肿瘤组织中，具核梭杆菌在NPC患者中的检出率（29.2%）显著高于对照组（8.3%），中间普雷沃菌仅在肿瘤组织中检出（10.1%）；

图4a：FISH证实具核梭杆菌、中间普雷沃菌定植于NPC肿瘤组织；

图4b：宏转录组验证 9 种核心易位菌存在于 NPC 肿瘤内；

图4c：易位菌阳性肿瘤组织中中性粒细胞显著富集；

图4d：易位菌调控宿主基因表达，上调促炎与中性粒细胞相关基因；

图4e：差异基因富集于中性粒细胞趋化、迁移等促炎通路；

图4f：差异基因富集病毒-细胞因子互作通路，提示微生物与EBV协同作用。

结果5：易位微生物与EBV载量呈显著正相关

EBV载量与移位微生物数量呈剂量依赖关系（EBV高载量组移位物种数显著高于低载量组，P=6.6×10^-5）；6种NPC_OtoNP易位菌与EBV载量呈正相关，其中具核梭杆菌相关性最强（R=0.36，P=4.2×10^-6）；鼻咽部共生菌（如Accolens棒状杆菌）与EBV载量呈负相关，且对口腔微生物移位具有保护作用。

图5a–b：EBV载量越高，检出易位菌种数越多。

图5c：具核梭杆菌、中间普雷沃菌等6种NPC_OtoNP菌种与EBV载量强正相关。

图5d：鼻咽共生菌与EBV载量负相关，发挥定植抵抗作用。

微基生物专注肿瘤微生物组研究，拥有成熟的厌氧培养平台、高通量测序平台、FISH原位验证平台、多组学分析平台，具备完整技术体系，助力肿瘤微生物机制研究与高分文章发表！

文献分享｜鼻咽癌肿瘤微生态被口腔微生物重塑，揭示致癌关键通路，首发于微基生物。

发表期刊：BMC Microbiology（IF=4.2）

发表时间：2025年8月

DOI：10.1186/s12866-025-04237-4

核心技术：培养组学 | 16S rDNA 测序 |体外功能验证

一、研究目的

1.用培养组学 + 16S rDNA测序，鉴定肺癌组织驻留微生物；

2.体外验证分离得到菌株功能，明确其与肺癌发展的关联机制。

二、实验方法  

 实验设计与培养组学方法、流程总结

1.样本收集与处理：选取未手术/未放化疗的NSCLC患者，术中取肿瘤组织1-4cm³。一份用于细菌培养组学分析，新鲜样本冰上1h内送实验室处理；另一份-80℃保存，用于16S rDNA测序。同时设置环境和培养对照，排除污染干扰。

2. 微生物分析方法

1）16S rDNA测序分析：扩增16S rRNA的V3-V4区，通过测序平台进行双端测序；经聚类OTU（97%相似性）、Silva数据库物种注释，分析肺癌组织微生物的群落组成。

2）培养组学分析：将肿瘤组织匀浆后预培养于5%血培养瓶，分别在1、3、6天取样，梯度稀释后接种于5%绵羊血哥伦比亚琼脂，同时进行有氧培养（37℃，24h）和厌氧培养（37℃，72h）；对菌落进行鉴定，对鉴定结果不佳的菌株进行16S rRNA全长测序。

3. 体外功能验证

1）菌株筛选：选取4种葡萄球菌菌株（S.warneri-01、S.hominis-22、S.capitis-22、S.nepalensis-09），以健康人粪便分离的鼠李糖乳杆菌为阴性对照。

2）肿瘤细胞增殖检测：采用RTCA（实时细胞分析）技术监测A549肺癌细胞。

3）促炎细胞因子检测：ELISA检测上清液中TNF-α、IL-1β、IL-6等促炎细胞因子。

三、研究结果

1）培养组学分离肺癌组织细菌特征

18份样本中5份培养阳性，细菌平均检出率27.8%，共分离鉴定出12种细菌，葡萄球菌属占比最高（59%）；厌氧条件下分离的菌株数量多于有氧条件，初始培养阶段为菌株分离的最佳窗口期。

2）16S rDNA测序的微生物组成

门水平的变形菌门、厚壁菌门、放线菌门占主导；样本间个体差异极大，肿瘤微环境菌群高度异质性。

16SrRNA测序鉴定的肺癌组织细菌组成分析

A.18例肺癌样本在门水平的分类组成；B.18例肺癌样本在属水平的分类组成

3）16S rDNA 测序与培养组学检测方法的对比

培养组学分离的12种细菌分属厚壁菌门（67%）、放线菌门（25%）、变形菌门（8%），与测序的菌门组成趋势一致；但仅芽孢杆菌属能同时通过两种方法检出，其余菌属存在明显检测差异，提示肿瘤微生物的培养难度较高。

16S rDNA 测序与培养组学方法的比较

A 5例培养阳性肺癌样本中丰度前10菌门的百分比直方图；

B 5例培养阳性肺癌样本中丰度前10菌属的百分比直方图；

C 5例肺癌样本中分离的12种细菌按门与属划分的百分比构成；

D 18例样本测序丰度前10菌属与5例样本可分离菌属的对比

4. 体外功能验证结果

体外增殖与促炎作用检测

A实时细胞分析检测不同葡萄球菌株对肺癌细胞系增殖的促进作用；

B刺激148小时后细胞指数统计分析；C四株菌与THP-1共培养上清中TNF-α含量；

D四株菌与THP-1共培养上清中IL-1β含量；E加热组与未加热组四株菌上清中TNF-α含量；

F加热组与未加热组四株菌上清中IL-1β含量。

本研究联用测序+培养组学分析肺癌组织菌群：测序可揭示微生物组成，培养组学既能部分验证测序结果，更能获得可用于后续研究的活菌；研究首次通过培养法从肺癌组织分离菌株并完成体外功能验证。

微基生物可提供肿瘤微生物样本处理、有氧/厌氧分离培养、16S rDNA测序与菌株精准鉴定、细菌培养上清代谢物分析等服务，并围绕肿瘤微生物研究特点，提供实验设计、样本采集、方法选择及结果解析的全流程技术咨询，助力提升菌株分离效率与功能验证准确性。

文献分享 | 肺癌肿瘤内细菌：分离、培养与体外功能验证，首发于微基生物。

肿瘤内微生物群是调控肿瘤发生发展、转移及治疗响应的关键因子。在肺癌、肝癌、胆管癌多种实体瘤中，特异性微生物群落通过重塑免疫微环境、调控代谢通路等方式影响肿瘤生物学行为。但因其低丰度与环境复杂性使分离培养与精准检测极具挑战。

微基生物依托高通量培养组学平台与专属培养基体系，搭建分离培养+FISH原位验证全流程服务，可对肺癌、肝癌、胆管癌、宫颈癌等多种实体瘤组织开展功能菌株的分离、鉴定与定位验证，形成完整研究闭环。

肿瘤微环境与肿瘤内微生物群示意图

一、常见肿瘤微生物样本类型

肿瘤微生物研究的样本类型覆盖组织、体液及专属特色样本，不同样本可从不同维度解析肿瘤微生物的分布、功能及与机体的关联，为多方位研究提供样本支撑。

肿瘤组织样本：原发性肿瘤组织、转移性肿瘤组织及癌旁正常组织，是直接解析肿瘤微环境中微生物群落组成与功能的核心样本。常见类型有肺癌组织、肝癌组织、宫颈癌组织、乳腺癌组织、胰腺癌组织、胃癌组织等。

体液样本：血液、腹水、胸腔积液、胆汁、十二指肠液等，可用于探究肿瘤微生物的全身性分布及转移特征，为液体活检相关研究提供支撑。

其他样本：口腔癌患者的口腔黏膜样本、结直肠癌患者的粪便样本等，可用于分析肿瘤微生物的来源及与机体微生态系统的关联。

不同肿瘤类型的肿瘤微生物示意图

二、肿瘤微生物科研核心方向及研究现状

当前肿瘤微生物研究已从菌群组成分析，迈向单菌株功能验证与空间定位的新阶段。微基生物在提供测序服务之外，更专注于肿瘤样本的微生物分离培养，并搭配高灵敏、高特异性 FISH 技术，为科研提供从菌株获取到原位验证的完整解决方案。

1）肿瘤微生物核心研究方向

核心技术支撑：分离培养 + FISH原位验证双技术体系  

2）部分肿瘤样本分离菌株及主要功能研究

注意：所有肿瘤相关菌株的分离均需严格控制无菌操作、设置阴性对照，结合FISH检测验证菌株原位定位，避免污染干扰。微基生物可根据不同肿瘤类型及菌株特性，提供全流程分离培养与功能验证服务，助力科研人员高效开展研究。

三、文献案例  肿瘤驻留葡萄球菌通过乳酸介导的信号轴促进转移定植

文献：Yu H, et al. Lactate production by tumor-resident Staphylococcus promotes metastatic colonization in lung adenocarcinoma. Cell Host & Microbe, 2025.

该研究首次揭示，肿瘤驻留葡萄球菌（S.nepalensis和S.capitis）通过分泌乳酸激活MCT1-假性缺氧-NDRG1信号轴促进肺腺癌（LUAD）转移定植的分子机制，其中微生物组学分析为研究发现核心肺腺癌转移关联菌属奠定了关键实验基础。

（一）微生物组学分析技术

1.16S rRNA基因测序：对LUAD患者原发灶、转移淋巴结、非转移淋巴结样本进行16S rRNA基因高通量测序，完成菌群组成的初步筛选；

2.微生物培养组学：采用多培养条件（好氧/厌氧+5%羊血/5%瘤胃液）对LUAD原发灶新鲜样本进行富集培养，分离获得患者来源的纯细菌菌株；

3.荧光原位杂交（FISH）：采用葡萄球菌特异性Cy5标记探针，对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本进行杂交染色，判定葡萄球菌阳性阈值（Cy5阳性面积>0.9%）；

4.实时荧光定量PCR（qPCR）：采用葡萄球菌特异性Taqman探针，以S.nepalensis为阳性对照建立标准曲线，定量临床样本中葡萄球菌的DNA含量，实现葡萄球菌丰度的精准定量。

（二）微生物组学检测结果

16S rRNA基因测序：明确葡萄球菌为LUAD转移灶特异性富集菌属

图A：发现队列样本排除标准流程图；图B：菌属水平菌群相对丰度堆叠图；

图C：Shannon指数α多样性箱线图；图D：LEfSe分析差异富集菌属图；

图E：葡萄球菌在不同样本中的相对丰度箱线图；图F：葡萄球菌特异性FISH染色图片；

图G：不同葡萄球菌丰度LUAD患者的Kaplan-Meier无病生存期（DFS）曲线。

检测结论：16S rRNA基因测序结合FISH/qPCR验证，明确了葡萄球菌在LUAD原发灶和转移淋巴结中特异性富集，且其丰度与患者复发风险升高、无病生存期缩短显著相关，是LUAD转移的关键关联菌属。

微生物培养组学：从LUAD肿瘤组织中分离获得葡萄球菌菌株

微生物培养组学技术流程图

检测结论：对18例LUAD原发灶新鲜样本进行多条件富集培养与鉴定，成功分离获得12株纯细菌菌株，其中6株为葡萄球菌属；结合功能实验筛选出4株具有促转移潜能的菌株，其中S.nepalensis和S.capitis的促转移效应最显著。

靶向验证：葡萄球菌在LUAD远处转移灶中存在且与复发相关

(b) 荧光原位杂交（FISH）探针标记的尼泊尔葡萄球菌和大肠杆菌荧光图像 

(c) 肺腺癌患者总生存期（OS）的 Kaplan-Meier生存曲线（验证队列 1）

(d) 荧光定量 PCR（qPCR）检测的葡萄球菌载量与FISH荧光强度的相关性散点图

(e, f) 验证队列1中不同复发状态肺腺癌患者的葡萄球菌载量qPCR定量柱状图

(g, h) 验证队列1中不同复发状态肺腺癌患者的葡萄球菌FISH荧光强度柱状图 

(i) 2 例肺腺癌患者原发灶与配对转移灶中葡萄球菌的代表性FISH图像

检测结论：qPCR与FISH检测均证实，术后12个月内复发的LUAD患者肿瘤组织中葡萄球菌丰度显著高于无复发生存超5年的患者（均 P<0.05）；在LUAD患者肾上腺、肝脏等远处转移灶中检测到葡萄球菌信号，证实葡萄球菌可随LUAD细胞发生远处转移。

以上研究通过16S rRNA基因测序、培养组学、FISH/qPCR靶向验证的多维度微生物组学分析技术，实现了“筛选差异菌属-分离活菌菌株-验证临床关联”的完整研究链条。

四、微基生物全方位优势

参考文献

1.Gao Z, et al. Heterogeneity of intratumoral microbiota in tumor microenvironment and tumor development. Med Research, 2025.

2.Chai X, et al. Intratumor microbiome features reveal antitumor potentials of intrahepatic cholangiocarcinoma. Gut Microbes, 2023.

3.Kong C, et al. Antagonistic interactions of Faecalibacterium prausnitzii and Bacteroides fragilis in CRC. Gastroenterology, 2026.

4.Yu J, et al. Gut-liver translocation of Klebsiella pneumoniae promotes HCC. Nature Microbiology, 2025.

5.Yu H, et al. Lactate production by tumor-resident Staphylococcus promotes metastatic colonization in lung adenocarcinoma. Cell Host & Microbe, 2025.

6.Colbert L E, et al. Tumor-resident Lactobacillus iners confer chemoradiation resistance via lactate-induced metabolic rewiring. Cancer Cell, 2023.

7.Zepeda-Rivera M A, et al. Fusobacterium sphaericum sp. nov., isolated from human colon tumor, adheres to colonic epithelial cells and induces IL-8 secretion. Gut Microbes, 2025.

微基生物｜肿瘤微生物分离培养+FISH检测服务，赋能科研新突破，首发于微基生物。

微基生物依托成熟高通量测序平台与专业科研团队，基于权威文献建立标准化实验体系，为客户提供专业、精准的DNA噬菌体富集、纯化、高通量测序与深度功能解析一站式服务。

一、适用检测样本类型

水体样本：唾液、自然水体（河流/湖泊/海洋）、饮用水、生活/工业废水、养殖水体等；

固相样本：土壤、粪便、淤泥、沉积物、固废（生活垃圾/畜禽粪便/工业固废）等；

气相样本：环境空气、室内空气、废气、粉尘等；

生物样本：动物肠道内容物、动植物体表拭子、体液、组织匀浆等；

食品/加工环境样本：食品原料、加工半成品、生产车间拭子、加工废水/废渣等。

二、样本检测流程

关键处理技术：采用0.22μm滤膜去除细菌及杂质，保留噬菌体颗粒；针对低丰度样本，通过宿主菌富集法提高噬菌体检出率；纯化过程结合PEG沉淀与色谱技术，确保噬菌体纯度≥95%。

三、分析方法  

高通量测序获得的原始数据经多步骤质控与分析，实现噬菌体群落的物种解析与功能挖掘，具体分析流程如下：

四、微基生物检测服务优势

1.技术团队：经验丰富的生物学专家团队，确保实验设计、操作和数据分析的专业性。

2.先进的检测平台：配备qPCR、ddPCR、高通量测序平台，提供多样化、高精度的检测方案。

3.生物信息学分析：提供噬菌体组装、分类、功能注释等分析，帮助客户深入解读数据。

4.定制化服务：根据客户的具体科研需求，提供个性化的实验方案设计和数据分析服务。

5.质量控制：样本接收到报告输出，全程严格遵循质量管理体系，确保结果准确性和可靠性。

五、服务承诺与交付

交付内容：检测报告（含样本信息、处理流程、原始数据、结果分析）、原始测序数据；

交付周期：常规检测10–15个工作日；

定制化服务：根据科研需求定制靶向噬菌体检测、多样性分析、体外互作验证等方案。

六、核心参考文献解读

文献1：噬菌体研究工具与多领域应用（Bisen et al., 2024）

该文献系统证实：噬菌体广泛分布于水、土壤、空气、污水、养殖环境等各类生态系统，分离、纯化、鉴定技术是噬菌体研究的核心基础。

1.噬菌体分离与纯化技术

噬菌体分离技术：直接平板法、噬菌体富集法、吸附法、过滤/超滤法；分离实验流程包括样本采集、富集、过滤、检测实验。

噬菌体纯化技术：噬菌体纯化是从环境混合物中获取高浓度、高纯度噬菌体颗粒的关键步骤，常用方法包括色谱法、PEG沉淀、氯化铯密度梯度离心、双水相系统。

噬菌体检测采用多种前沿技术，包括高通量筛选（HiTS）、噬菌斑实验、PCR、qPCR、微滴数字 PCR（ddPCR）、质谱、下一代测序（NGS）。2.噬菌体检测技术进展

噬菌体检测与表征技术合集

噬菌体在解决细菌耐药、环境污染、食品安全等全球性问题上具有不可替代的作用，未来需通过标准化技术流程、合成生物学改造及多学科交叉合作，进一步挖掘噬菌体的应用价值，推动其从基础研究走向临床、食品、环境治理等实际场景的规模化应用。

文献2：环境噬菌体是抗生素耐药基因重要储存库与传播载体

该研究通过宏基因组测序证实：污水处理、养殖环境中噬菌体携带大量抗生素耐药基因（ARGs），并存在稳定的“核心耐药基因组”，可通过转导介导耐药基因跨菌株传播。

研究主题：解析养猪场污水处理系统中噬菌体组结构，明确噬菌体携带的抗生素耐药基因（ARGs）特征，揭示噬菌体介导耐药基因传播的机制。该研究以宏基因组测序为核心检测方法，针对DNA噬菌体开展系统性研究。

样本类型：养猪场污水处理5个节点水样（进水、好氧池、中间池、兼性池、出水）；

检测方法：以宏基因组高通量测序为主要技术手段，结合噬菌体组分离富集技术，对污水样本中的DNA噬菌体进行全基因组测序与数据分析；

实验结果展示

噬菌体组分类组成与污水处理影响

A：噬菌体科水平（长尾/肌尾/短尾科）与宿主菌分布；B：污水处理对三大优势噬菌体科丰度的影响；C-E：3科噬菌体在各处理段的丰度变化；F：临床耐药菌专属噬菌体的丰度层级。

结果显示：污水处理系统中长尾科、肌尾科、短尾科为绝对优势噬菌体，处理工艺不改变其丰度次序，但好氧/兼性环境对噬菌体具有明显选择性，且噬菌体宿主覆盖多种耐药菌，存在较高耐药传播风险。

噬菌体携带耐药基因类型与丰度分布

A：18类ARGs的亚型数量统计；B-C不同ARGs类型的覆盖度（丰度）；

D：96种ARGs亚型的丰度聚类热图，分为4组，核心基因高丰度稳定存在。

结果显示：噬菌体共携18类96种抗生素耐药基因，以MLS和四环素类耐药基因为主，并存在一组在所有样本中均高丰度存在的核心耐药基因，其类型分布与细菌耐药组高度一致。

耐药基因作用机制分类覆盖度

细菌（A）与噬菌体（B）中各类耐药基因的丰度分布

结果显示：噬菌体对耐药基因具有明显选择偏好，优先富集核糖体保护蛋白与ABC转运体相关基因，且污水处理过程显著改变噬菌体中耐药基因丰度，对细菌耐药组影响较小。

核心耐药基因在污水处理过程的动态变化

A：噬菌体基因组中7个核心ARGs的丰度变化；B：细菌基因组中同一组核心ARGs的丰度变化；C：核心ARGs在噬菌体与细菌间的差异显著性统计（或聚类热图）。

结果显示：7个核心耐药基因在噬菌体中于好氧和中间段显著富集，而在细菌中无明显波动，证明是噬菌体特异性选择导致耐药基因富集。

MLS与四环素类耐药基因系统发育树

A：MLS耐药基因进化树，噬菌体基因集中在核糖体保护分支；

B：四环素耐药基因进化树，噬菌体基因同样富集于核糖体保护分支，证实特异性偏好。

结果显示：MLS与四环素类耐药基因进化树显示，噬菌体来源基因高度集中在核糖体保护蛋白分支，表明噬菌体通过特异性/侧向转导定向携带特定耐药基因，并非完全随机的普遍性转导。

通过测序分析发现，该水处理环境中的DNA噬菌体组存在一个高度核心化的抗生素耐药基因库，且耐药基因可通过噬菌体实现跨菌株传播；揭示了噬菌体在环境耐药基因扩散中的关键作用，也印证了DNA噬菌体高通量测序对环境微生物生态研究的重要价值。

噬菌体作为环境微生物生态系统中的重要组成部分，其研究对于理解环境健康、抗生素耐药性传播、水处理工艺优化等方面具有不可估量的价值。通过我们专业的环境噬菌体检测服务，共同揭示微生物世界的奥秘，为您的科研项目提供强有力的支持！

参考文献：

·Bisen, P., Gupta, S., & Singh, R. (2024). Bacteriophages in nature: recent advances in research tools and diverse environmental and biotechnological applications. Environmental Science & Technology, 58(12), 5245–5262.

·Wang, Y., Li, J., Zhang, L., & Chen, H. (2021). Metagenomics of wastewater phageome identifies an extensively cored antibiotic resistome in a swine feedlot water treatment environment. Environmental Microbiology, 23(9), 3845–3860

DNA噬菌体高通量测序检测服务，首发于微基生物。