微基生物 » Rank Abundance http://www.tinygene.com 您自己的微生态研究团队|专注微生态研究与应用 Thu, 23 Apr 2026 08:25:31 +0000 zh-CN hourly 1 https://wordpress.org/?v=4.2.29 Rank Abundance 曲线 http://www.tinygene.com/statistic-analysis/rank-abundance-2 http://www.tinygene.com/statistic-analysis/rank-abundance-2#comments Mon, 19 Oct 2015 08:04:53 +0000 http://www.tinygene.com?p=2308 Rank-abundance曲线是分析多样性的一种方式。构建方法是统计单一样品中，每一个OTU 所含的序列数，将OTUs 按丰度（所含有的序列条数）由大到小等级排序，再以OTU 等级为横坐标，以每个OTU 中所含的序列数（也可用OTU 中序列数的相对百分含量）为纵坐标做图。

Rank Abundance 曲线，首发于微基生物。

]]> 　　Rank-abundance曲线是分析多样性的一种方式。构建方法是统计单一样品中，每一个OTU 所含的序列数，将OTUs 按丰度（所含有的序列条数）由大到小等级排序，再以OTU 等级为横坐标，以每个OTU 中所含的序列数（也可用OTU 中序列数的相对百分含量）为纵坐标做图。
　　Rank-abundance 曲线可用来解释多样性的两个方面，即物种丰度和物种均匀度。在水平方向，物种的丰度由曲线的宽度来反映，物种的丰度越高，曲线在横轴上的范围越大；曲线的形状（平滑程度）反映了样品中物种的均度，曲线越平缓，物种分布越均匀。
　　软件：使用97%相似度的OTU，利用R语言工具制作曲线图。
参考文献：
　　Scott T Bates, Jose C Clemente, et al. Global biogeography of highly diverse protistan communities in soil. The ISME Journal (2013) 7, 652–659; doi:10.1038/ismej.2012.147.
例图：
Rank-Abundance
　　注：横坐标：OTU 等级，“500”代表样本中按照丰度排列第500 位的OTU；纵坐标：该等级OTU 中序列数的相对百分含量，即属于该OTU 的序列数除以总序列数，纵坐标轴上数字，例如“100”代表相对丰度为100%，“10”代表相对丰度为10%，依次类推。

Rank Abundance 曲线，首发于微基生物。

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