宏基因组

luoyuanquan — Fri, 02 Jul 2021 06:53:30 +0000

宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，不需对微生物进行分离培养，而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度，探索微生物与环境及宿主之间的关系。
目前，第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落，挖掘更多基因资源方面的应用。

技术路线：

部分结果展示：

微生物的多样性与相对丰度

eggNOG功能注释

KEGG代谢通路

文献解读

标题：Distinct composition and metabolic functions of human gut microbiota are associated with cachexia in lung cancer patients

肺癌患者肠道菌群的独特组成及代谢功能与恶病质有关

ISME Journal (IF:9.18)

主要结果：

在31名肺癌患者中，非恶病质与恶病质组（n=12）患者在肠道菌群组成、宏基因组功能通路和相关血浆代谢物方面存在显著差异。

恶病质患者血浆中支链氨基酸、甲基组胺和维生素存在显著消耗，相关肠道菌群功能通路的也存在损耗，恶病质患者肠道菌群的脂多糖生物合成能力显著升高。癌症恶病质引起的肠道菌群功能变化。非恶病质患者中支链氨基酸和3-氧代草酸的富集分别与肠道普氏杆菌和加氏乳杆菌正相关。

原文链接： https://www.nature.com/articles/s41396-021-00998-8

参考文献：Ni, Y., Lohinai, Z., Heshiki, Y. et al. Distinct composition and metabolic functions of human gut microbiota are associated with cachexia in lung cancer patients. ISME J (2021). https://doi.org/10.1038/s41396-021-00998-8

宏基因组，首发于微基生物。

微生物多样性/宏基因组

luoyuanquan — Wed, 29 Jul 2015 08:04:04 +0000

宏基因组学（metagenomics）是一种以环境样品中的微生物群体所有基因组作为研究对象，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能的新的研究微生物多样性的方法。

宏基因组学以微生物的多样性、种群的结构、进化关系、功能活性、相互间的协作关系以及与环境之间的关系为研究目的，其研究方法有功能基因筛选及测序分析。运用的技术手段包括环境基因组整体测序及特征基因的扩增子序列。

优点：

宏基因组不依赖于微生物的分离培养，克服了传统的纯培养方法的技术限制，为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略；

可以得到环境中丰度较低的，甚至是痕量微生物的信息，为研究低丰度微生物提供了途径；

宏基因组学引入了宏观生态的研究理念，对环境中微生物菌群的多样性、功能活性等宏观特征进行研究，可以更准确地反应出微生物生存的真实状态。

流程：

微生物多样性/宏基因组，首发于微基生物。