基于16S/18S/ITS序列扩增，根据客户需求采用不同测序平台（Roche 454和 Illumina），利用NGS高通量测序技术，获得庞大的数据信息，通过现代生物信息学手段，获得微生物总体群落，并通过RDA，CCA，NMDS分析，找到环境因子（pH，C/N，湿度，总氮，总磷，TOC，含水量等）与微生物群落组成的相关性，进而分析微生物与环境的相互关系。

研究现状

1、 Congcong Shen等对长白山不同海拔高度，分布有不同植被的土壤微生物进行分析，研究菌落组成的差异及这种差异产生的影响因素与微生物群落之间的相互关系。得到结论，pH能更好的预测不同海拔高度细菌分布，植被类型可能通过改变C/N来间接影响不同海拔高度细菌的分布情况。
Soil pH drives the spatial distribution of bacterial communities along elevation onChangbai Mountain
Congcong Shen, Jinbo Xiong, Huayong Zhang, Youzhi Feng, Xiangui Lin,Xinyu Li,Wenju Liang, Haiyan Chu
Soil Biology & Biochemistry 57 (2013) 204e211

样本质量：0.5g土壤
土壤样本基因组DNA抽提试剂盒：FastDNA SPIN Kit for soil (MP Biomedicals, Santa Ana, CA)
分析区域：16S rRNA V4-V5高变区
测序平台使用：Roche FLX 454 pyrosequencing
主要结论：
（1）不同样本微生物在门的水平上的群落结构分析

（2）不同海拔高度微生物群落的CCA（Canonical correspondence analysis）分析，得到不同海拔高度样本中微生物群落受环境因子（土壤pH、海拔高度、碳氮比、总有机碳、降雨量）影响的差异。

（3）主要微生物群落的相对丰度与不同海拔高度土壤pH之间的相互关系。

2、 Sizhong Yang等研究沿中俄原油管的永冻层土壤中细菌的群落分析。
Pyrosequencing Investigation into the Bacterial Community in Permafrost Soils along the China-Russia Crude Oil Pipeline (CRCOP)
Sizhong Yang, Xi Wen, Huijun Jin, Qingbai Wu
plos one,December 2012 | Volume 7 | Issue 12 | e52730
土壤样本基因组DNA抽提试剂盒：Power Soil DNA Isolation Kit (MOBIO, USA)
16S rRNA分析区域：V1-V3高变区
测序平台：Roche FLX 454
主要结论：
（1）Rarefaction Curve：不同样本稀释曲线分析取样深度是否合理。

（2）群落结构分析：不同样本在门的水平上细菌群落的组成分析

（3）Heatmap：细菌在目得水平上，12个样本中前100个目得细菌菌落分布分析。

（4）PCA分析和NMDS分析：PCA分析显示不同位点的微生物群落组成不同。NMDS分析表明上面冻融层土壤的微生物群落在某种程度上与环境参数总有机碳、总氮、总磷、含水量相关。

（5）VEEN图：分别分析Upper active layer（1300，2300，3300 和 4300）、Lower active layer（1500，2500，3500 和4500)、Permafrost table （1600，2600，3600和4600）样本中OTU的相似性。

土壤微生物多样性分析，首发于微基生物。

高通量测序技术优势

1.测序通量高，可检测到环境样品中的痕量微生物。
2.实验操作简化，无需构建复杂的基因文库。
3.PCR产物可直接进行测序，结果稳定，重复性强，实验周期短。
4.测序数据便于后期生物信息学分析，实验结果更能全面的反应环境中菌落的特点。

研究现状：

1、S. Bougouffaa等对红海裂口处Atlantis II和Discovery两个地点纵剖面的微生物群落和影响环境因子进行全面的分析。研究发现最深的对流层处细胞密度低，但是微生物多样性极高，丰度很低。令人惊奇的是盐分高的海水处的细胞数量显著高于覆深海水，而他们的微生物多样性却是极低的。细菌和古细菌随海水纵剖面主要微生物类群发生改变。虽然最底层的对流层海水中，温度和重金属离子的浓度都各不相同，但是却存在着一些有趣的相似的微生物类群。多变量分析显示，温度和盐度是影响微生物群落的主要因素。
Distinctive Microbial Community Structure in Highly Stratified Deep-Sea Brine Water Columns
S. Bougouffaa, J. K. Yanga, O. O. Leea, Y. Wanga, Z. Batangb, A. Al-Suwailemb and P. Y. Qiana
Applied and Environmental Microbiology，June 2013 Volume 79 Number 11
水样收集：10L规定地点处的水样取出后立即过1.6um孔径的玻璃纤维过滤器，除去悬浮物和真核微生物。而后过0.22um孔径的聚碳酸酯膜收集微生物细胞。
样本的保存：聚碳酸酯膜保存在含有0.8mL的管中，冻存于-80℃，而后置于干冰中运回实验室准备基因组DNA抽提。
环境参数测量：温度、盐度、营养浓度（NO3-, PO43-，Si, SO42-）、金属离子浓度（Cu，Fe、Mn）采用CTD装置和HACH DR/890便携式比色计；总有机碳、总无机氮测定采用TOC分析器；NH4+和NO2-在实验室测定。
基因组DNA抽提方法：基于SDS的抽提方法
测序平台：454 FLX Titanium platform
主要结论：
（1）焦磷酸测序读长的分类学统计
（a）所以读长在门水平上的分类统计（b）细菌读长在纲水平上的统计（c）古细菌读长在纲水平上的统计

（2）样本间的UPGMA（非加权平均法）树，显示各样本间微生物群落的聚类关系

（3）PCoA分析各地点各深度样本间微生物群落的相似性

（4）RDA分析环境因子与细菌和古细菌之间的关系

水源微生物多样性分析，首发于微基生物。